应当从刑法修正的角度去分析贪污犯罪未来的司法认定及犯罪适用问题,这也一直是我国刑法理论界和实务界重点研究的问题。特别是在《刑法修正案(九)》出台之前,立法就贪污罪的处罚依据主要在于贪污数额。而随着刑事法律进一步修订,新《刑法》第383条中,不再直接规定贪污数额,而是以“数额较大、数额巨大、数额特别巨大”作为表述,且这些表述的认定要通过司法解释予以明确。同时,贪污犯罪被告人退赃、减免损失、限制减刑等具体情况的认定,已经打破了以往“唯数额论”的格局,至此正式确立贪污罪定罪量刑“数额+情节”的二元论格局。这对我国司法实践中贪污罪的司法认定影响重大。本文主要从四个部分展开:第一部分,《刑法修正案(九)》与贪污罪的修订。第一,贪污罪条款修改背景和原因,从贪污数额与社会危害性不适应、贪污数额与量刑档次间隔不匹配、单纯数额犯不利于罪轻罪重、罪与非罪认定三个方面来分析贪污罪条款修改背后蕴含的法理观念和深刻的背景因素。第二,新修订的贪污罪规范内容:一是数额定罪到“数额+情节”定罪;二是进一步完善从宽处罚规范;三是增设终身监禁的适用。第三,新刑法对贪污罪的认定:一是贪污数额在10000元以下不构成犯罪;二是法官自由裁量权的行使受到关注;三是农村基层组织涉嫌贪污罪或许可以松绑;四是贪污罪的威慑力将大为增加;五是刑罚轻刑化趋势或许更加严重。第二部分,贪污罪司法认定中的若干争议。第一,犯罪主体之争,犯罪主体的争议主要有两种,一是关于农村基层组织人员的主体资格认定;二是关于国有公司、企业的范围认定。第二,犯罪对象之争,主要是关于公共财物、集体组织财物和国有财物的认定。第三,主观内容之争,主要是关于公共财物占有状态的认定。第四,既遂、未遂之争,主要是关于占有后财物使用对犯罪形态的认定。第三部分,贪污罪司法认定的实践困境。第一,困境表现:一是法检的侦查审判认定之间存在冲突;二是提升犯罪金额导致轻刑化更加明显;三是贪污犯罪案件量小、犯罪人员集中;四是贪污犯罪的财物往往被限定为国有财物。第二,困境成因:一是贪污犯罪轻刑化具有一定社会基础;二是法检追诉机制存在绩效性差异;三是贪污犯罪处理多倾向于限缩适用。第三部分,贪污罪司法认定之困境克服。第一,立法上进一步完善构成要件及要素,主要包括:进一步明确贪污罪主体;明确贪污对象为公共财物;取消刑法“多次贪污未经处理的”规定;贪污罪罚金刑及非罪处罚建议。第二,强化监察体制改革下的反腐体系。具体措施有:提高办理贪污罪大案、要案率;遏制职务犯罪轻刑化趋势;强化典型贪污犯罪判决示范作用;加大对贪污罪的刑罚执行监督;整合资源构建国家反腐体系。第三,注重“两法衔接”强化贪污犯罪惩处。一是进一步强化行刑事“两法”衔接;二是加大对贪污罪处罚的法治宣传。通过对《刑法修正案(九)》和实践个案的分析,我们可以看到司法实践已经将贪污犯罪的认定作出了进一步的明晰,特别是在依法治国和强势反腐的大背景下,贪污罪的司法认定从原则和标准上都应当有所改变,正是基于这些基础性问题的解决,我们对司法实践中办理贪污犯罪案件遇到的疑难问题及处理办法提出建议,主要从立法层面、司法层面和刑事行政两法衔接层面等对贪污犯罪的认定作出完善。