在全面分析我国水资源状况、水利发展现状以及综合利用水利工程投资管理中存在的问题基础上，论文从经济学角度分析了市场经济条件下水资源产权、供给消费等方面的特征，对综合利用水利工程的经济特征进行了分析，总结了综合利用水利工程的成本效益分析方法，提出了资产界定的方法，这些方法为弄清综合利用水利工程政府投资的事权范围、民间资本的引入深度等问题奠定了基础。论文以经济学理论为指导，分析了公共设施政府投资机理、投资主体选择以公共设施民营化趋势，对其他基础设施的投资制度进行了比较分析；研究分析了国外大型水利工程公益性投融资机制及公益性效益补偿机制；总结了这些投资管理制度的经验以及对我国综合利用水利工程投资管理制度改革的启示。论文针对当前我国综合利用水利工程投资管理制度缺陷，从投资管理的模式、投融资方式、运行机制等方面提出了进行投资管理制度创新的思路和框架，并围绕引入竞争、引入民间资本提出了综合利用水利工程投资主体选择、运行管理主体选择的招标机制，提出了政府与民间资本相机参与制度，提出了综合利用水利工程民间资本参与的多元化投融资方式，提出了综合利用水利工程投资运行的公益性效益补偿机制、经营效益分享机制及供水价格形成机制的运行制度。论文还选择我国综合利用水利工程的典型代表——小浪底大型水利工程进行了成本效益特性计算分析，进行了公益性及经营性资产的分摊计算，并针对其存在的投资运行管理问题，提出了可操作的有针对性的制度创新的改革建议。