中国蚌科的DNA条形码及其系统发育研究

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淡水蚌类在世界各地都有分布,是淡水生态系统底栖生物群落中重要组的成部分,具有重要的生态功能。中国淡水蚌类物种丰富,但是近年来由于人为活动干扰导致的栖息地破坏,蚌类资源严重衰退,许多物种处于濒危状态。传统上,蚌科鉴定和分类主要依据贝壳的形态特征,但由于许多近缘种贝壳的形态特征具有高度可塑性和趋同现象,使得淡水蚌类的分类较为困难,同时关于中国蚌科属上阶元的分类也存在不同的观点。解决这些问题能为中国淡水蚌类保护提供科学基础。本研究测定了中国蚌科14属41种蚌的核基因28S rDNA部分序列和线粒体COI基因部分序列,以这两个基因作为候选基因,比较了蚌科物种种内和种间遗传距离,分析了其主要特征和作为DNA条形码鉴定蚌科物种的适用性,同时结合GenBank中其它淡水蚌类的28S和COI序列,分析了中国蚌科的系统发育关系。主要结论如下:1.所测序的线粒体基因COI和核基因28S序列的A+T含量分别是58.7%和34.3%,G+C含量分别是41.0%和65.4%,COI具有明显的A+T偏好性,而28S具有明显的G+C偏好性。COI和28S的碱基转换与颠换的比值分别是1.58和1.27,说明28S rDNA的保守性要比COI强,进化速率更慢。2.COI的平均种内和种间遗传距离分别是0.0029和0.163;28S rDNA的平均种内和种间遗传距离是0.0006和0.039。COI的平均种内遗传距离和平均种间遗传距离的间隔明显大于28S rDNA,说明应用COI基因序列作为鉴定淡水蚌类物种DNA条形码要优于28S rDNA序列。3.中国蚌科的系统发育树分析显示,中国蚌科分为两个类群:珠蚌亚科和隆嵴蚌亚科,其中珠蚌亚科包括10个有效属,且除无齿蚌属、矛蚌属之外,每一个属都形成了独立的单系群;隆嵴亚科与珠蚌亚科组成姐妹群,包括4属8种,在隆嵴亚科中,除蛏蚌属以外,其它属的物种都构成了独立的单系群。4.系统发育树也显示丽蚌属为复系群,猪耳丽蚌并不属于之前分类中的丽蚌属,而是与珍珠蚌亚科聚为一支。
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