近年来,随着信息技术的快速发展,大数据充斥着人类社会的方方面面,极大的影响着人们的生活,人们也越来越重视大数据背后蕴藏的巨大价值,而对于健康医疗数据,其可应用于临床科研、互联网医疗、全民健康管理、重大疾病预警及公共卫生检测等领域,因此充分挖掘利用医疗数据是十分重要的。健康医疗大数据已经成为国家重要的战略性资源,其作为卫生健康事业的新基建,对优化卫生健康事业发展,改善人民健康有着重要的支撑和促进作用。而由于我国医疗信息化建设前期缺乏统一的标准和技术,导致医疗数据质量参差不齐,各级医疗机构信息系统之间出现“信息孤岛”等问题,这极大的影响了医疗信息的应用,于是对健康医疗数据进行数据治理从而更好利用其价值就变得尤为重要。本文针对健康医疗数据的特点及在数据治理上存在的问题,设计并实现了健康医疗智能数据治理系统,对区域医疗数据进行数据治理。本系统在功能上充分考虑到多源健康医疗数据的特点,设计了多个功能模块来满足系统用户的需求,主要包括医疗数据集成、数据质量管理、医疗数据融合、医疗数据可视化及系统管理。为了更好的进行数据治理工作需要将各个医疗机构的医疗数据进行整合,设计出数据集成模块实现各类数据库的数据集成。为实现区域健康医疗数据的互联互通,打破各个医疗机构间的数据壁垒,建立各个医院主数据库,设计出规则匹配结合机器学习算法进行数据融合的方法解决同患者不同患者ID的问题,并设计出医疗数据可视化功能,方便系统用户更直观的利用医疗数据进行自己的工作,本系统利用Spark平台进行数据处理从而满足亿级数据的高速处理,通过Vue+ElementUI和HTML5开发Web服务来进行用户交互,在数据存储采用Hive数据库进行医疗数据的存储,使得在数据存储和计算方面上有可拓展性及高容错性。健康医疗智能数据治理系统方便了用户进行后续医疗数据分析及数据挖掘工作,促进健康医疗大数据更好的发展。