20世纪90年代初我国股票市场开始建立时,由于对市场经济和股票市场的认识不足,设立之初股票市场就被人为地分为可上市流通的社会公众股和不可上市流通的国有股和社会法人股,由此形成了两类股票“同股不同权不同价不同利”的局面,这就是股权分置现象。为解决股权分置问题进行的三次改革都因没有很好地保护好流通股股东的利益而失败,并最终引导了股权分置改革。本文采用理论分析和实证分析相结合的方法,对股权分置改革中中小股东的利益保护进行研究。在理论分析上,首先论证对价理论依据混乱,对股权分置改革的理论支撑不够,然后通过法律法规对中小股东保护不够、大股东利用自己的优势侵害中小投资者利益和扩容压力的保护措施不足三方面指出,在具体股改过程中没有很好的保护中小投资者的利益。在实证分析上,通过政策中性原理和套利均衡理论,结合股改对价方案中需要考虑的因素,推导出均衡对价公式,对沪深两市1264家上市公司进行统计分析,得出平均均衡对价为0.608,平均实际对价为0.302。说明股权分置改革对价支付偏低,尤其是中小板块市场,并在分析以上内容的基础上进行总结,提出建议,指出研究不足。本文的创新之处在于利用推导出来的均衡对价公式计算1264家上市公司的均衡对价,并与这些公司的实际对价进行比较分析,得出大部分公司存在对价支付不足现象等一些具有实质性的结论。此外,对股权分置改革中中小投资者保护研究的相关内容也进行了系统分析,其中包括股权分置的弊端分析,股权分置改革的对价理论,法律法规,扩容压力和制定对价方案需要考虑的因素等,这些讨论和分析对于从整体上把握股权分置改革和中小投资者利益保护具有重要的现实意义。