本研究利用26个微卫星座位统计了新扬州鸡品系内的等位基因组成，计算了各座位的基因纯合率和多态信息含量（PIC）及平均杂合度。结果表明26个座位的平均基因纯合率为64.3％，平均PIC为0.337，平均杂合度为0.375。结果显示，新扬州鸡具有一定的遗传稳定性，已成为一个稳定的遗传群体，符合封闭群动物的遗传特征。 7个微卫星座位ADL102、ADL172、ADL290、MCW5、MCW58、MCW104、MCW123与新扬州鸡0～6周龄体重的相关分析表明，在亲代和F₁代群体中，MCW58座位对新扬州鸡母鸡2～6周龄体重有显著影响；MCW123座位在亲代试验中对新扬州鸡母鸡2～6周龄体重有显著影响，而在F₁代中影响不显著。 在本次试验中，我们发现在一定的蛋白范围内，新扬州鸡的早期生长与蛋白水平或质量都不呈线性关系。但是日粮蛋白水平对新扬州鸡体重却有显著影响。低蛋白组显著大于中蛋白组，与高蛋白组体重差异不显著。低蛋白组采食量最多，高蛋白组采食量最少。 同时，不同的蛋白水平条件下，微卫星座位MCW58的不同基因型对2～6周龄母鸡体重的效应值并没有显著的变化，说明在其附近存在的影响新扬州鸡早期生长发育的QTL并不受蛋白水平变化的影响。