HBV cccDNA形成过程中rcDNA负链冗余序列去除部位研究

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HBV感染是世界范围的公共卫生问题,我国尤为严重。目前,无论是长效干扰素的应用,抑或新型核苷类似物均不能有效清除体内持久存在的HBV cccDNA。彻底清除cccDNA需要新的策略,而理解和阐明HBV cccDNA形成机制是寻找根除HBV感染方法的必要前提。对比HBV rcDNA与HBV cccDNA基因组结构可知,在HBV cccDNA分子形成中,必不可少的一个环节是HBV rcDNA负链5’端或3’端冗余序列被去除,进而形成闭合的环状DNA分子,我们将集中研究此环节,试图解析出冗余序列的去除机制。目的:解析在HBV rcDNA形成HBV cccDNA过程中,负链冗余序列5’r和3’r被去除的部位,探索HBV cccDNA形成的分子机制。方法:1、构建C1826A定点突变的HBV DNA表达质粒,并构建含C1826A突变的HBV稳定复制细胞系。2、建立HBV rcDNA正链及HBV cccDNA特异性扩增方法。3、建立基于PCR技术的定点突变位点检测方法,通过方法学比较做出方法学评价。4、TA克隆含nt1826位点的HBV rcDNA正链扩增片段,菌液PCR检测样本,计算突变型和野生型比率。5、TA克隆含nt1826位点的HBV cccDNA片段,菌液PCR检测样本,计算突变型和野生型比率。6、综合分析,解析在HBV cccDNA形成过程中,HBV rcDNA负链冗余序列去除部位及机制。结果:1、ELISA检测细胞培养上清HBsAg、Real-time PCR及SouthernBlot检测细胞内提取病毒DNA,结果均显示稳定细胞系能够正常复制HBV DNA;且细胞基因组DNA片段测序分析表明含有C1826A突变。2、5’端含外源序列的单引物PCR延伸,产物纯化,再以外源序列和上游引物组合PCR能够特异扩增含nt1826位的HBV rcDNA正链片段。3、跨负链5’及3’末端间隙之上下游引物可特异扩增HBVcccDNA。4、TA克隆含nt1826位碱基的HBV rcDNA正链片段,菌液PCR检测样本,其中nt1826位野生型(C)比率为83%-99%,突变型(A)比率为1%-17%。5、TA克隆含nt1826位碱基的HBV cccDNA片段,菌液PCR检测样本,其中nt1826位野生型(C)比率为43%-69%,突变型(A)比率为31%-57%。结论:1、稳定转染含C1826A突变的HBV DNA细胞系支持HBV复制,可作为后续研究工具。2、成功建立了HBV rcDNA正链及HBV cccDNA特异性扩增方法。3、建立了基于PCR技术的突变位点检测方法,其可有效区分并反映定点突变碱基情况。4、在pgRNA逆转录HBV rcDNA过程中,至少多数正链的合成以5’r为模板,且一直延伸至其末端。5、在HBV cccDNA形成过程中,至少多数HBV rcDNA负链冗余序列去除部位为5’r。
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