从表现花叶、畸形的加工番茄病株上获得分离物XJ124,用1对ToMV CP基因引物进行RT-PCR ,扩增得到了689bp的特异性核苷酸片段。将PCR产物插入到克隆载体pMD18-T中再转化到大肠杆菌TOP10。经限制酶酶切鉴定,重组克隆中含有与PCR产物大小相同的689bp的插入片段。cDNA全序列分析表明,所扩增出的689bp片段,含1个480bp开放阅读框架(ORF),编码160氨基酸组成的蛋白,所克隆的基因包含完整的ToMV CP基因。所测得的XJ124分离物与国内外已报道的部分ToMV CP基因序列比较,核苷酸同源性高达84.4 %～99.8 %,氨基酸同源性高达98.7 %～100 %。因此将该分离物XJ124鉴定为番茄花叶病毒。本研究首次对来源于新疆加工番茄上的番茄分离物XJ124基因组全序列进行了测定,并与该属其它病毒序列进行了比对和分析。通过5次RT-PCR得到了XJ124 (6,383个核昔酸)基因组的全序列。序列分析结果表明:XJ124全序列共6383个核苷酸; 5’端和3’端非翻译区序列分别为71和206个核苷酸;中间为4个开放阅读框(ORF),分别编码4个蛋白,从5’端到3’端所编码的蛋白依次为1116个氨基酸(125.67kD,与病毒复制有关)、1,616个氨基酸(182.97kD,由125.67kD蛋白通读产生,与病毒复制有关)、264个氨基酸(28.94kD,与病毒移动有关)、159个氨基酸(17.59Dk,病毒衣壳蛋白);其中ORF2和ORF3读框重叠,它们共用18个氨基酸;这些都与其它的Tobamoviruses非常相似。本实验建立了新疆加工番茄花叶病病原TMV和ToMV的RT-PCR检测技术。应用该技术对采集于新疆加工番茄主要产区的病样本进行检测。结果表明:在2006年所采集的样本主要为条斑,各采样地点均检测到TMV,所占比例为54.43%;而能检测到的ToMV所占比例仅为13.92%,远远低于TMV所占比例。在2007年所采集的样本全部为花叶,各采样地点均检测到ToMV,所占比例为62.50%;而能检测到的TMV所占比例仅为20.83%,远远低于TMV所占比例。以上结果说明新疆加工番茄病毒病病原主要包括TMV和ToMV,并且症状与病原有一定关系,引起条斑症状的病原主要为TMV,而引起花叶的病原主要为ToMV。