进入21世纪新经济发展时代，我国若想在经济上实现稳定可持续发展，就必须重视我国和国际市场的需求。目前，创新已成为我国发展的核心推动力，这就注定了创新型企业会受到应有的重视。随着创新生产力的发展，我国各级政府相关部门对创新型中小企业在经济发展重要作用有了明确的认识，制定并实施了扶持创新型中小企业的各种相关政策，并把对创新型中小企业的扶持作为国家经济可持续发展战略的重要部分。创新型中小企业具有独特的经营特点和组织架构体系，拥有较强的融资能力和自主创新能力。为了更清楚了解此类型企业的发展状况和经营状态，就需要设计一个能满足创新型中小企业发展特点并能反映其真实经营状况的绩效评价体系。本文通过参考国内外学者对创新型中小企业绩效评价体系的相关理论研究，界定创新型中小企业的概念，并分别对创新型企业和中小型企业的特点进行分析，总结阐述创新型中小企业的特点。深入分析平衡计分卡和经济附加值两种指标体系设计方法的特点，并在综合考虑这两种方法的基础上，选取绩效评价指标，构建创新型中小企业绩效评价指标体系。根据所创建的绩效评价指标体系，选择基于LM算法改进的BP神经网络方法对其进行评价。随机选取59家在创业板上市的创新型中小企业作为训练样本，构建LM算法改进的BP神经网络模型，应用MATLAB7.0软件对其进行模拟和训练，结果证明本文所构建的绩效评价指标体系的准确性和合理性。接着将所建立的绩效评价指标体系应用在一个具体的案例企业上，将评价结果与案例企业实际绩效状况进行比较分析。分析结果表明本文所创建的绩效评价体系，符合体系设计的原则，能够客观、有效的对企业进行评价，并且具有较强的可靠性、客观性和科学性。在结论中，指出所构建的绩效评价体系现实应用性好，有很好的发展前景，并阐述研究的局限性。