世界各地均有极具地域特色的传统发酵食品。在各种发酵食品中,乳酸菌是普遍存在且被广泛研究的细菌种类之一。摩洛哥地处于非洲的西北部,其地形复杂,气候环境多样,由于当地畜牧业比较发达,当地居民有用牛乳、羊乳、骆驼乳为原料制作和食用自然发酵乳的传统。为了获取不同地域、不同来源传统发酵乳制品中乳酸菌资源,解析自然发酵乳的乳酸菌菌群结构和生物多样性,本研究应用纯培养方法和宏基因组PacBio SMRT测序技术,对摩洛哥阿尤恩地区13份自然发酵牛乳和驼乳中的乳酸菌多样性进行分析;并且基于比较基因组学方法,研究摩洛哥自然发酵乳中优势分离株的遗传进化和功能基因组学。主要研究结果如下:1.13份自然发酵乳制品的乳酸菌活菌数在5.89×105～8.33×106 CFU/m L之间。共分离得到247株乳酸菌,鉴定为5个属,11个种,其中Lactococcus lactis为摩洛哥地区自然发酵乳中的最优势菌种,占总分离株的51.82%,其次相对含量较高的有Lactobacillus helveticus和Lactobacillus kefiranofaciens菌种,占比分别为9.74%和9.31%。自然发酵牛乳样品中Lactococcus、Lactobacillus和Streptococcus为优势菌属,占其分离株的45.22%、40.12%和12.11%;自然发酵驼乳样品中Lactococcus、Lactobacillus为优势菌属,占总分离株的64.33%、26.67%,因此自然发酵牛乳与自然发酵驼乳分离得到的乳酸菌在菌属组成上存在一定差异。2.应用PacBio SMRT测序技术对13份自然发酵乳中的乳酸菌多样性进行研究。研究结果表明,鉴定出的细菌被划分为9个门、132个属和246个菌种,Firmicutes和Proteobacteria为该地区自然发酵乳中的最优势菌门,相对含量为68.63%、29.79%;Lactococcus和Lactobacillus是该地区的优势菌属,相对含量为40.89%、17.36%;其次丰度较高的有Streptococcus thermophilus、Lactobacillus helveticus、Lactobacillus kefiranofaciens,相对含量为6.97%、6.72%、4.47%。除上述主要菌种外,还鉴定到一些在个别样品出现的潜在致病菌,如Escherichia fergusonii、Klebsiella oxytoca等菌种。3.基于纯培养和非培养方法研究发现:Lactococcus lactis为摩洛哥地区自然发酵乳中的优势菌种,相对含量为35.06%,因此,在该地区纯培养分离株中选出52株Lactococcus lactis进行重测序,基于基因组学方法解析Lactococcus lactis基因组特征和功能基因特征。结果显示,重测序的52株Lactococcus lactis分离株全部隶属于Lactococcus lactis subsp.lactis,基因组平均长度为2.48±0.18 Mb,平均GC含量为35.13±0.40%。泛基因集共包含9542个基因家族,核心基因集共包含1283个基因。构建系统发育树显示,同一乳源的菌株系统发育关系距离近,出现明显聚类趋势。注释结果显示,自然发酵牛乳和驼乳样品中的分离株特异基因主要参与糖代谢、转录调节、氨基酸代谢,相同地区不同乳源的Lactococcus lactis subsp.lactis基因组功能特征有一定的差异。这可能是由于自然发酵牛乳和驼乳中乳糖含量的不同,导致菌群结构不同,进而向不同方向进行基因进化。本研究通过纯培养分离方法和PacBio SMRT测序技术相结合的方法详细的解析了摩洛哥地区自然发酵牛乳和自然发酵驼乳中的乳酸菌多样性,并基于功能基因组学探究了Lactococcus lactis subsp.lactis的基因组特征和功能基因,为相关乳酸菌资源开发利用提供数据支持。