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生猪养殖在我国养殖业中占有很大的比重,仔猪腹泻类疾病是当今影响生猪生产的一大难题,仔猪腹泻是仔猪消化功能紊乱的综合症状,会引发继发感染,致使仔猪抵抗力降低,死亡率增高,该病是目前最严重的仔猪疾病群之一,也是引起仔猪死亡的重要原因,严重危害着养猪业的发展。本研究通过对不同日龄段仔猪腹泻病例细菌混合感染分析,找出肠道菌群结构是如何变化。采用高通量测序的方式,使用Illumina MiSeq 2×250平台对仔猪肠道菌群16srDNA V4区域进行测序比较,本次测序样本为14个,扩增测序的区域为细菌16s rRNA的V4可变区,通过数据预处理和去除嵌合体及非特异性扩增序列,本研究一共产生903700条有效序列,平均每个样本产生56481条序列(范围47222-69896),序列平均长度为252bp,测序有效数据率为98.24%。对测序的序列进行随机抽样,用抽到的序列数和它们所能代表的OTU的数目构建曲线,即稀疏曲线,结果显示本次测序覆盖微生物群落较为充分;绘制的Venn图显示不同日龄仔猪肠道内OTU特有数目最多的是0-7日龄腹泻仔猪(A-diarrhea)特有OTU数目为1264,其次是8-14日龄腹泻仔猪(B-diarrhea)特有OTU数目为684。通过计算A-diarrhea与B-diarrhea组共有OTU数目为400,A-diarrhea与A-normal组共有OTU数目为300,B-diarrhea与B-normal组共有OTU数目为84;本实验使用mothur软件计算Alpha多样性指标,包括香农指数(Shannon Index)、辛普森指数(Simpson Index)、ACE指数、Chao1指数、覆盖率(Coverage)等,香农指数平均值是2.00(范围0.32-3.22),辛普森指数平均值是0.32(范围0.09-0.87),ACE指数平均值为692(范围96-3539),Chao1指数平均值为528(范围67-1972),覆盖率平均值为99.77%;基于物种丰度样本聚类图分析,根据β多样性距离矩阵进行层次聚类(Hierarchical clustering)分析,使用非加权组平均法UPGMA(Unweighted pair group method with arithmetic mean)算法构建树状结构,得到树状关系形式用于可视化分析,计算样本间距离,结果显示A-diarrhea和B-diarrhea组距离近,证明了在仔猪腹泻中菌群结构相似;微生物物种分类分析显示:门水平共有42种门被鉴定,其中厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门(Proteobacteria)三门占了总体序列的96%以上,在属水平共有644种属被鉴定,其中七种属占了总体序列的80%以上,七种属分别为:乳酸杆菌属(Lactobacillus)、埃希氏菌属/志贺氏菌属(Escherichia/Shigella)、拟杆菌属(Bacteroides)、副杆状菌属(Parabacteroides)、链球菌属(Streptococcus)、肠球菌属(Enterococcus)和梭杆菌属(Fusobacterium),菌落水平差异显示:0-7日龄仔猪,在腹泻仔猪肠道中乳酸杆菌属、副乳杆菌属、副杆状菌属、肠球菌属、梭状芽孢杆菌属和普雷沃氏菌属这六种细菌与对照组仔猪就菌群结构而言都呈现了下降的趋势,分别由39.00%,10.39%,9.28%,7.86%,4.01%,1.36%降至37.70%,0.01%,8.14%,1.85%,0.33%,1.10%;大肠杆菌/志贺菌属、链球菌属和放线杆菌属这三种细菌与对照组仔猪就菌群结构而言都呈现了都呈现增长的趋势,分别由2.41%,1.13%,0.04%提升至14.12%,8.17%,2.02%。8-14日龄仔猪,对照组仔猪肠道中的乳酸杆菌属、大肠杆菌/志贺菌属、韦荣球菌属、链球菌属、副乳杆菌属、肠球菌属、双歧杆菌属和梭杆菌属这8个优势菌属菌与腹泻仔猪肠道中菌群结构进行比较出现了不同程度的下降,由70.14%,8.70%,4.81%,2.21%,1.40%,1.30%,1.14%,1.11%下降为53.00%,4.68%,0.08%,0.13%,0.02%,0.30%,0.07%,0.72%;而腹泻仔猪肠道中的拟杆菌属、副杆状菌属、消化链球菌、氨基酸球菌属、代尔夫特菌和普雷沃氏菌属这6个优势菌属菌与对照组仔猪肠道中菌群结构进行比较出现了上升趋势,由0.08%,0.06%,0.49%,0.02%,0.01%,0.45%提升至11.40%,8.11%,4.63%,4.13%,1.22%,1.16%。上述高通量测序结果显示:腹泻仔猪和对照组仔猪在属水平上优势菌群有明显的变化,这些仔猪肠道固有菌群的结构、数量发生改变可能是引起腹泻的重要原因。