义乌小鲵(Hynobiusyiwuensis)是中国的特有种之一，仅分布于浙江义乌、镇海、舟山、萧山等地。其特殊的栖息地环境使得种群数量一直相对较少，目前已被IUCN（世界自然保护联盟）列为易危物种。舟山隶属于浙江省，是义乌小鲵的主要分布地之一。近年来，经济快速的发展使得舟山地区的生态环境发生了较大的变化，人为活动的干扰造成了当地许多连续生境的片段化甚至破碎化。两栖动物由于扩散能力较差，对栖息地的区域稳定性要求较高，因此栖息地环境的改变会使得其种群数量急剧的下降。本研究采用近年来逐渐发展的微卫星分子标记的方法，通过近源种跨种扩增的方式来筛选义乌小鲵具有多态性的微卫星位点，并对舟山地区义乌小鲵的遗传多样性和遗传结构进行分析，以期为义乌小鲵的保护提供重要的理论依据。本文的主要研究结果如下:　　1、引用113对近源种（100对来自安吉小鲵，13对来自中国小鲵）的微卫星位点在义乌小鲵中进行跨种扩增试验，结果显示共有52对引物成功扩增，占总数的46.0％，其中安吉小鲵中有50对引物成功扩增，占总数的50％;中国小鲵中有2对引物成功扩增，占总数的15.4％;剩余的位点中有11对位点存在非特异性扩增或涂带现象，占总数的9.7％;有50对位点完全没有产生任何扩增产物，占总数的44.2％。本研究得到结果中安吉小鲵的跨种扩增成功率是高于中国小鲵，认为跨种扩增的成功率可能与物种的亲缘关系存在一定关系。　　2、利用银染法从微卫星位点中筛选出10对多态性位点大于2的引物，其中有3个位点在后续的PCR过程中，成功扩增出的样本量不足以进行后续的遗传分析，在后续的研究中被放弃;而其他7个位点的等位基因数目在3-4之间，平均值为3.43，有效等位基因平均数目为3.01，观测杂合度在0.250到0.537之间，期望杂合度在0.613到0.712之间。除此之外的42对引物在多态性检测中，得到的结果为纯合子或者仅有2个等位基因。　　3、通过7对引物对舟山地区的义乌小鲵的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果显示，各位点的期望杂合度均达到了较高的遗传多样性水平(p＞0.5)，且FIS显示种群内部存在较为严重的近交现象。遗传瓶颈的检测显示整个舟山种群存在瓶颈效应，只有在TPM模式检测下的38号位点，SMM模式检测下的38号、55号、56号以及97号位点才未经历瓶颈效应。　　4、对120个义乌小鲵个体间的亲缘关系进行了聚类分析，采用组间平均联结法，用欧式距离来衡量个体间的遗传距离，既而进行聚类分析，最终除去样本38、47和91，将78个个体在距离系数为16.065的水平上可聚为3类。分析原因可能存在物种本身的原因或人为因素，可以通过进一步的研究来深入探讨该现象。