猫杯状病毒（Feline Calicivirus,FCV）是引起猫呼吸道疾病的一种常见病原,呈世界性分布,常在猫群中爆发流行。为了解杭州地区FCV的流行情况及分子生态学特征,本研究首先对杭州地区收集的48份疑似FCV感染病料,进行了PCR鉴定、病毒分离培养,以及基于VP1基因序列的系统发育树分析。RT-PCR鉴定结果显示,有32份病料可判为阳性;这32份病料接种的F81细胞,均出现明显的CPE。VP1基因序列分析显示,32株分离毒间的核苷酸同源性在69.2%-99%之间,氨基酸同源性在82.1%-99.9%之间。与国外分离株相比,32株分离株同国内分离株的同源性更高。系统发育树分析显示,32株分离毒中有12株与国内分离毒遗传关系较近,15株与英国株遗传关系较近,另外4株与多国分离株形成独立分支。对VP1 D-E区的B细胞线性表位分析发现,D区和conE区的2个表位比较保守,而5’HRV区的表位存在较大变异。尽管32个毒株分离于同一地区和相近的时间段,主要抗原VP1基因差异仍然较大,多数达20%-30%不等。其次,研究各分离毒对F81细胞的适应性,测定筛选分离毒的滴度,并绘制多步法生长曲线。32株分离毒对F81细胞适应性结果表明,DF018、DF019、DF026对F81细胞的适应性较差,多步法生长曲线显示,3株分离毒均在24 h时滴度达到高峰,但3者之间存在复制差异。最后,对筛选的分离毒进行全基因组的序列测定及分析。对DF018、DF019、DF026的全基因组序列进行扩增,扩增得到全长分别为7687 bp、7687 bp和7689 bp。进一步遗传进化分析显示,DF018与DF019密切相关,3株分离毒均与南韩参考株12Q087-1与12Q087-5的遗传关系较近。以上结果表明,FCV在杭州地区广泛流行而且呈现明显的遗传多样性,给病毒的分子流行病学监测和疫苗防控带来巨大挑战。