《防治船舶污染海洋环境管理条例》于2009年修订发布后,海事管理机构面临着如何充分、合理履行其船舶溢油清污法定职责的问题。本文试将这些问题归为三类：一是新规定的贯彻实施问题,二是条例修订后仍未解决的问题,三是条例规定与履行国际公约义务存在冲突的问题；并试图对每类问题中最突出的问题进行分析,提出对策。就新规定的贯彻实施问题,本文讨论了行政许可审查责任的加重问题,提出了建立清污能力网上监控制度和修订船舶航次签证行政许可要求的建议；讨论了污染事故调查认定书的定性问题,提出了通过立法和司法解释分别对调查认定书的性质和证据效力予以明确的建议；讨论了海事管理机构组织清污费用的支付问题,提出了制定船舶污染处置行政强制工作程序以及建立船舶污染事故应急处置档案的对策。就条例修订后仍未解决的问题,本文探讨了油污损害索赔主体范围不确定引发的问题,提出了建立船舶油污损害赔偿争议调解前公告制度的建议；探讨了船舶油污损害赔偿基金制度的缺失问题,提出了通过向国有油企摊款和设立基金管理中心两项举措,建立有中国特色的船舶油污损害赔偿基金制度。就条例规定与履行国际公约义务存在的冲突问题,本文讨论了如何协调履行《国际海上人命安全公约》要求的事故安全调查义务与条例所要求的污染事故调查的问题,提出了成立专门的事故安全调查机构的对策。