代理问题是公司治理的核心，中国上市公司的公司治理普遍效果不佳，股权高度集中，内部治理制度又不完善，上市公司面临着复杂的代理问题。侵害中小股东的利益大股东的代理行为最终会对上市公司的绩效产生影响，进而影响到股市的稳定。本文首先简要介绍了国内外学者关于公司治理特征和大股东代理问题的相关研究，通过对大股东代理问题的分析，分离出三种侵害中小股东利益的代理行为，关联交易、盈余管理、再融资，然后提出若干种公司治理特征，连接公司治理特征和大股东代理行为的关系。本文是通过实证方式研究公司治理特征和大股东代理问题的关系。首先分析国内外相关研究成果，提出公司治理特征影响大股东代理行为的概念模型，借助问卷调查收集的数据，运用结构方程建模的方法，全面研究了股权结构、公司内部治理、独立性、透明度、行业状况、规模、债务状况这些公司治理特征对关联交易、盈余管理、再融资这三种大股东代理行为的影响。本研究中，利用问卷调查作为收集数据的主要手段，在数据处理过程中，使用相关分析和结构方程建模的技术借助SPSS和LISREL进行了实证检验。通过实证研究和理论探讨，研究结果表明，股权结构和公司内部治理对上市公司的关联交易、盈余管理、再融资有直接的影响。优化股权结构是解决大股东代理问题的重中之重。加强公司内部治理有利于制约关联交易中的侵害以及再融资中的不规范，对盈余管理的影响相对较小。独立性对上市公司的关联交易和再融资有直接的影响，上市公司和大股东之间人员、业务、资产划分不清助长了侵害中小股东关联交易。透明度高可以抑制盈余管理因此对大股东代理行为有所影响，竞争力强的行业关联交易较少，规模大并不会因为治理更加有效而减少代理行为，反之会因为关联交易的增加加大对中小股东的侵害，当上市公司负债后，大股东有盈余管理的动机。最后，对本文局限加以说明并对未来研究方向进行了展望。