浮游细菌是水生态系统中十分丰富的有机体,它在淡水和海洋水生态中扮演着重要的角色。文章通过对武汉三种不同营养水平的淡水湖泊(贫营养的下泉池、中营养的梁子湖、和轻度富营养的月湖)和云南三个高原湖泊(贫营养的碧塔海、中营养的阳宗海和中度富营养的杞麓湖)浮游细菌16S rDNA的扩增、克隆和测序,来研究这些湖泊表层水中的浮游细菌多样性和群落组成。梁子湖、下泉池和月湖这三个湖泊分别挑取100个克隆子进行测序,各自的90多条序列分别归为40、31和27个OTU,文库的覆盖率分别为75.34%、83.82%和83.53%,三个湖泊均具有较高的多样性,其中中营养的梁子湖浮游细菌的多样性最高,富营养的月湖浮游细菌多样性较梁子湖和下泉池低。梁子湖浮游细菌的优势种群为β-Proteobacteria和a-Proteobacteria;下泉池浮游细菌的优势种群为Bacteroidetes、r-Proteobacteria和a-Proteobacteria;月湖浮游细菌的优势种群为Actinobacteria。碧塔海、阳宗海和杞麓湖分别挑取50个克隆子进行测序,各自得到的40多条序列分别归为13、14和12个OTU；其中碧塔海浮游细菌的优势种群为Bacteroidetes,阳宗海浮游细菌的优势种群为r-Proteobacteria,杞麓湖浮游细菌的优势种群为β-Proteobacteria。比较了碧塔海、阳宗海和杞麓湖的浮游细菌多样性,同样发现中营养的阳宗海浮游细菌多样性最高,富营养的杞麓湖浮游细菌多样性较另外两个湖低。