免疫系统理论的提出,在审计实务界和理论界产生了巨大反响,将审计范围由经济活动运行扩展到经济社会发展,将审计的目标有差错防弊扩展到维护国家经济安全,反映出审计作为国家治理一个不可分割的部分,在国家治理发挥着越来越重要的作用,免疫系统理论是升华了审计的本质,拓展了审计的功能,开展审计免疫系统的理论研究,充分发挥审计保证国家经济社会运行的免疫系统功能,对审计事业发展影响深远。近年来,我国突发事件频频发生,范围越来越广,影响程度越来越大,国际社会广泛关注,人民群众十分关切,政府高度重视。2008年5月12日,四川汶川发生里氏8.0级特大地震,汶川地震受灾面积、受灾人口和灾害损失均为有史以来最严重的一次,其强大突发性和破坏性,给经济社会建设和人民生命财产造成巨大损失。据统计数据显示,截止2008年8月18日地震造成六万多人遇难,三十七万多人受伤等,地震造成的直接经济损失更是前所未有。为给灾后恢复重建提供强大的物质保障,中央和地方财政拨付了大量专项资金,全国各企业和社会团体、各族人民、港澳台同胞、海外侨胞以及国际社会多种形式慷慨支援。本文从免疫系统功能与应用的角度,对相关文献进行了梳理,引入政府审计免疫系统的相关概念,分析了免疫系统论的相关理论来源和时代背景,以及免疫系统论的功能内涵,重点分析了免疫系统的防御、揭示、修补三大功能。通过把免疫系统功能与汶川灾后恢复重建资金跟踪审计的特点结合。通过实践中对灾后恢复重建资金跟踪审计的特点、功能和模式的提炼和总结,发现灾后恢复重建资金跟踪审计在实践中存在的问题,并对其进行完善,形成基于免疫系统理论的灾后恢复重建资金跟踪审计理论,探索如何建立和发挥政府审计免疫系统功能,并将其应用到社会实践中去,不断提高审计效能,不断探索出符合我国发展实际的跟踪审计的方式方法,为今后的审计开展提供一些有价值的思路。