当前，全球制药业面临新药研发周期长、高风险、高投入特性下研发效率低下的严峻挑战，制药行业内的各类角色纷纷加强新药研发项目管理，在新药研发项目立项或进行许可交易时，采用科学高效的方法进行项目评价。新药研发项目的评价方法中，占主导地位的折现现金法，因无法体现管理灵活性价值，因而在评价多阶段项目时，具有局限性。而实物期权法则能够弥补该缺点，是评价周期长、多阶段、不确定性强的新药研发项目的理想方法。但是，目前实物期权法在制药行业内应用并不广泛，调查原因显示，人们对实物期权法理论与模型的认识不足，认为评价过程复杂、不透明。为了消除评价者和管理者对实物期权法认识的局限性，将基于实物期权的二叉树方法引入新药研发项目评价，研究从三个层面展开，首先从理论基础层面研究了实物期权理论与新药研发项目评价的适用性；其次从评价方法的角度简要分析了实物期权理论下的B-S模型、二叉树模型以及蒙特卡罗模拟三种方法的特点，提出二叉树方法用于评价新药研发项目具有可视、简便、易理解等优点；并通过对实际案例的评价研究，总结了二叉树方法评价步骤及结果解释。二叉树方法用于新药研发项目评价及项目许可协议评价，基本步骤相近，其中，评价参数的确定需要进行大量的尽职调查，为避免参数选择的主观性带来的评价结果的偏倚，优选有客观依据的参数，尤其是高敏感性参数，如折现率、销售峰值、增长率；在进行许可协议评价时，确定的参数需要协议双方一致。构建二叉树、计算现金流、得出根节点项目值，各步骤在EXCEL中进行，为了计算快捷，在各单元格编辑函数式，函数式中的逻辑关系包括与、或、是、非、真、假，当项目现值为负时，将其调整为零。通过规范函数式，能够使得评价过程更透明、更快捷。本课题通过对处于不同研发阶段、不同治疗领域研发项目的案例评价，总结出一套参数选择表，并研究出两套评价表，分别是新药研发项目评价表和项目许可协议评价表，评价者在进行个案分析时，首先调整输入参数，其次调整二叉树规模，最后调整函数式，即可得到项目实物期权值，做出项目评价结果。