论文部分内容阅读
锌指核酸酶(zinc finger nuclease,ZFN)作为基因修饰的工具之一,目前发展已日趋成熟,在多个研究领域内得到了广泛的应用,其中在基因治疗方面的应用最为突出,同时也是最具潜力的。与TALEN和CRISPR/Cas9基因组编辑系统相比,ZFN具有脱靶效率低,细胞毒性小等优势,赋予其在基因治疗领域占有较大的优势。目前ZFN技术在基因治疗上的应用已进入临床试验阶段,但ZFN的构建、筛选的复杂性使其较其他基因修饰工具更为耗时,而研究缩短其构建、筛选时间的方法就显得更为有意义。研究表明ZFN的锌指结合特异性的靶序列,然后利用与之相融合的非特异性核酸内切酶FOKⅠ来切割目标序列,产生DNA双链切口(double strand breaks,DBS),再利用供体DNA经过同源重组(homologous recombination,HR)修复DNA或通过非末端连接修复(non-homologous end joining,NHEJ)系统引入插入缺失突变。ZFN技术的重点在于如何简单构建出大量有效锌指。目前研究中出现过的构建ZFN的方法主要有模块装配法(ModularAssembly,MA),相邻装配法(Context-dependentAssembly,CoDA),以及目前最常用到的开源式方法,又叫寡聚化池工程法(Oligomerized PoolEngineering,OPEN,OPEN)。其中利用模块装配得到的锌指效率普遍较低,并且忽视相邻碱基的影响,CoDA方法则限制了位于中间的锌指的作用,只能获得有限的锌指,OPEN方法虽然没有前两种的缺点,但是在建立库后的筛选工作量大且复杂,因此也受到了限制,现在要获得高效ZFNs的关键就在于解决这些方法中存在的一些缺点。综合所有方法的优缺点,我们针对OPEN筛选方法对其进行了改进。结合相关文献报道,我们知道在OPEN法筛选ZFNs时主要可用到细菌双杂交系统,酵母双杂交系统等,其中细菌由于生长周期比酵母短,可以相对节约时间。传统的OPEN方法中的细菌双杂交系统主要建立在LacZ报告基因的蓝白斑筛选基础上,需要挑取单个克隆,并对每一个克隆进行检测,该工作量即为整个实验中耗时最长的部分。我们以组氨酸合成酶His3基因替换半乳糖苷酶LacZ作为筛选的报告基因。3-氨基-1,2,4-三氮唑(3-Amino-1,2,4-triazole,3-AT),3-AT是组氨酸合成酶的竞争性抑制剂,而研究证明3-AT能明显抑制组氨酸合成酶,能够达到抑制组氨酸(histidine,His)的本底表达。因此我们可将表达His3报告基因置于DNA靶位点下游,当锌指蛋白结合靶位点,其融合的转录因子启动His3基因表达,克隆中含有活性锌指蛋白的载体即可在含3-AT的缺陷性培养基中生存,而此时基因的本地表达被抑制,提高筛选获得的阳性克隆结合靶序列的效率。再构建ZFNs表达载体,在酵母细胞水平检测筛选获得的ZFNs切割靶DNA的活性,分离得到目的ZFNs的同时可达到验证其效应的目的。通过以上试验方式进行研究得到了3个靶基因共9对有活性的ZFNs,且有效缩短了筛选的时间,从库中筛选得到有效ZFNs的整个过程仅需要5周时间相较传统的蓝白斑筛选能节约至少一倍的时间。试验结果充分说明了本研究方法能够达到缩短时间的目的,优化的OPEN方法构建ZFNs更加简便。