乳腺癌辅助化疗能够降低乳腺癌患者的复发和死亡，但是绝对死亡率的减少仅为10％-12％。目前乳腺癌的治疗，临床医师均依据循证医学指南经验用药，对于病理类型和分期以及个别乳腺癌相关基因(如：ER、PR、HER-2)相同的乳腺癌患者，均采用相同的化疗方案。但是乳腺癌是一种多种分子改变累积的多基因疾病，表现为病人的临床异质性。因此，接受同样方案治疗却有着完全不同的预后的乳腺癌患者比比皆是。这就说明了我们目前的主要依靠细胞形态学进行乳腺癌分类的方法不足够准确，迫切需要找到一种能够准确分类，且这种分类可以准确指导化疗方案的制定的方法。 基因芯片的高通量、微型化、自动化的特点使其可以同时检测成千上万个基因。我们可以利用它来检测乳腺癌组织基因表达图谱，发现差异表达基因，基因表达图谱的差异为乳腺癌的临床异质性提供了分子水平上的证据，并可以此对乳腺癌重新分类，且这种分类和患者接受某种化疗后的预后相关，从而发现预测具体患者对于具体化疗方案敏感性的基因表达模式。 本研究采用新辅助化疗为研究背景。行新辅助化疗不仅可以在治疗前获取乳腺癌原发肿瘤样本分析其基因表达图谱，还可以在化疗周期间获取乳腺癌标本以检测早期基因表达变化，而且，可以通过直接监测肿瘤大小变化了解化疗疗效。新辅助化疗后的临床缓解和病理缓解状况均和患者的预后相关。接受新辅助化疗后那些临床上肿瘤消退明显的患者预后要优于那些消退不明显或明显耐药的患者，而达到病理完全缓解(pCR)的患者，其无病生存率(DFS)、无远处疾病生存率(DDFS)和总生存率(OS)都高于其他患者，且差别具有统计学意义。结合临床肿瘤大小变化及术后病理缓解情况评估化疗方案疗效，探索基因表达模式同化疗疗效间的相关性，从而发现能够预测疗效的基因表达模式。总之，新辅助化疗为我们发现这一预测因子提供了理想的平台。 本研究就运用了基因芯片技术和新辅助化疗为平台或背景进行研究，期望本研究能为乳腺癌的个体化治疗的相关研究提供一些参考。 目的： 利用自制cDNA芯片检测乳腺癌新辅助化疗前后肿瘤基因表达图谱及其变化，以发现能够预测化疗疗效的基因表达图谱，指导临床医师制定更合理的乳腺癌化疗方案，使患者可以获得最有效、最经济的治疗。 方法： 所有病人均在接受治疗前通过组织学证实为乳腺癌患者，在征得病人同意后对病人行三周期新辅助化疗并在化疗开始前及化疗第二周期前和术后取肿瘤组织冻存备行基因图谱分析。 1.摇菌、提取质粒、PCR扩增，获得肿瘤相关基因PCR产物，经纯化后点至玻片上，制备成包含5952个点阵的肿瘤相关基因cDNA芯片。 2.提取冻存乳腺癌组织与正常乳腺组织总RNA，经反转录并标记为cDNA探针，与cDNA芯片杂交，经Scanarray4000芯片扫描仪扫描图象，应用Quantarray3.0软件分析，得到基因表达的数据资料。应用半定量RT-PCR方法对cDNA芯片检测的某些差异表达基因的表达状况进行验证。 结果： 1.经实验证实，自行制备的肿瘤相关基因cDNA芯片，扫描图象信号清晰，背景信噪低，重复性好，结果理想。 2.在乳腺癌标本中共有33个肿瘤相关基因有差异表达。 3.用半定量RT-PCR验证了MMP9基因的表达特征与芯片检测结果基本一致。 结论： 1.cDNA芯片技术可以快速、系统、准确地揭示基因的表达特征，为研究乳腺癌的化疗预测因子提供了良好工具。 2.通过研究乳腺癌组织差异表达基因与新辅助化疗疗效的相关性，为下一步建立基因预测表达谱提供了重要参考。