人们的日常生活离不开医药，医药制造业能够创造社会效益和经济效益。从中国经济的发展过程或从世界经济发展的进程中得知，在经济发展中医药制造业发挥的作用与日俱增，强化其技术创新能力和效率，助推该产业向前发展，已变成我国乃至全球各地广泛关注和角逐的对象。新疆在我国有着重要的地位，正确而科学地评价新疆医药制造业在我国31个省市中所处的地位，阐明新疆医药制造业技术创新发展现状及水平，分析影响新疆医药制造业技术创新的因素，为政府相关部门、医药制造企业提供决策参考具有较强的理论与现实意义。通过对相关文献的研读及总结，本文从新疆医药制造业的发展现状加以论述，建立了新疆医药制造业技术创新能力评价指标体系，涉及创新投入、创新产出、创新活动、创新环境4个方面，共17个指标，并采用因子分析法对2011年新疆医药制造业技术创新能力进行了评价分析；然后，考虑到医药制造业发展的特点及资料的可获得性，建立了新疆医药制造业技术创新效率评价指标体系，包括输入和输出两个方面，共6个指标，并运用数据包络分析法对包括新疆医药制造业技术创新效率所处的状态进行了评价与分析，并与全国其他省份进行了对比。根据分析结果，发现新疆医药制造业技术创新能力不足，创新效率较低，处于规模效率递增的状态，与东部发达省份的差距非常大，同时也说明新疆医药制造业具有较大的发展空间。本文提出了提高创新资源的投入力度(包括经费和人力投入)、建立激励机制营造创新氛围、有效利用新疆自身优势等对策建议。