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本文测定5种隼形目鸟类、3种鸮形目鸟类和1种夜鹰目鸟类的部分线粒体12S rRNA基因和16S rRNA基因,结合从GenBank下载的17种鸟类同源基因进行系统进化研究。首次报道了松雀鹰(Accipiter virgatus)、红角鸮(Otus scops)、草鸮(Tyto capensis)的12S rRNA基因全序列,以及凤头鹰(Accipiter trivirgatus)、红隼(Falco tinnunculus)、黄嘴角鸮(Otus spilocephalus)和普通夜鹰(Caprimulgus indicus)的12S rRNA和16S rRNA的基因片段。选用2种不同参数模型(p-distance或Kimma 2-Parameter distance)对构建系统进化树结果没有明显影响,但选用UPGMA、NJ、ME或MP方法会对构树结果引起局部差异。在基于12S rRNA全序列构建的NJ、ME和MP树中都支持隼科最早分化出一个单系群,而在UPGMA树中,隼科游隼(Falco peregrine)单独形成一个分支,与鹰科、夜鹰目和鸮形目互为姐妹群。该现象可能与UPGMA法不适合构建分支进化速率不同的系统进化树有关。所采用的12S rRNA和16S rRNA基因变异丰富,研究表明该基因的转换数和颠换数随着遗传距离的增加呈稳定性增长,未出现饱和现象;因此该基因数据能够提供有效的遗传变异信息,反映出较高真实水平的鸟类系统发育关系。本研究表明,隼形目鹰科与隼科之间的亲缘关系较远,鹰科和鸮形目之间的亲缘关系较近,与传统分类学的观点相驳。在基于12S-b、12S rRNA全序列、12S rRNA加16S rRNA联合序列构建的系统进化树中,NJ树、ME树和MP树均支持隼科最早形成一个单支系分化出来,然后是鸮形目和夜鹰目鸟类分化出来,鹰科鸟类位于进化树的末端。并且,隼科和鹰科之间的平均遗传距离也远超过其它猛禽线粒体基因的平均遗传距离。通过分析隼形目鹰科与鹳形目鹭科、雀形目梅花雀科和鸦科、夜鹰目夜鹰科和鸮形目鸱鸮科和草鸮科的系统进化关系,得出的结论也不支持Sibley等依照DNA-DNA杂交研究结果将隼形目并入鹳形目的观点。在鸮形目的科级分类水平上,基于12S-b基因、12S rRNA基因和12S rRNA和16S rRNA联合序列构建的系统进化树均认为鸱鸮科和草鸮科的亲缘关系符合传统分类学观点,不支持王翔等认为草鸮科仓鸮应归入鹰科以及认为红角鸮与鹰科亲缘关系更近的观点。同样,基于16S rRNA基因的UPGMA树和ME树也不支持将草鸮和鹰科归在一起。但是,在NJ树和MP树中,草鸮与鹰科的亲缘关系更近,与鸮形目的亲缘关系较远,不符合传统分类学观点,与王翔等把草鸮科仓鸮