苜蓿(Medicago L.)品质是由多基因控制的数量性状,全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是数量性状分析的有效手段。本研究以119个紫花苜蓿品种(系)为试验材料,以粗蛋白、粗灰分、中性洗涤纤维、酸性洗涤纤维、干物质和相对饲用价值等6个品质性状为测定指标,基于53028个SNP分子标记,对紫花苜蓿品质进行全基因组关联分析。主要结果如下:1.品质性状表型分析对119份紫花苜蓿品种(系)的6个品质性状进行表型变异分析,各品质性状在不同紫花苜蓿品种间具有不同程度的变异,变异系数最小为干物质,最大为相对饲用价值。相关分析表明,粗蛋白与相对饲用价值间呈极显著正相关,中性洗涤纤维与酸性洗涤纤维间呈极显著正相关,粗蛋白与中性洗涤纤维、酸性洗涤纤维间呈极显著负相关。主成分分析结果表明,润布勒、赛特、AIBLE、蔚县苜蓿、巨能801、游客、河西苜蓿、K4、维多利亚、阿波罗II、金皇后、Diamond T、WL343、先锋555和安格等15份紫花苜蓿品种(系)的综合得分大于1。聚类分析表明,119份紫花苜蓿划分为3个类群,第I类群由18份品种(系)组成,第II类群由78份品种(系)组成,第III类群由23份品种(系)组成。综合评价结果表明在主成分综合得分>1的15份紫花苜蓿品种(系)中除金皇后、WL343、先锋555和安格外均属于第I类群,其营养价值高,适口性较好,为优质紫花苜蓿品种(系)。2.全基因组关联分析全基因组关联分析结果表明,在P<0.0001水平上,共检测到484个与品质性状相关的SNP位点,可解释7.47%-55.85%的表型变异。其中,粗蛋白、粗灰分、中性洗涤纤维、酸性洗涤纤维、干物质和相对饲用价值的相关位点分别为86个、76个、117个、70个、32个和103个。检测到稳定SNP关联位点82个,粗蛋白、粗灰分、中性洗涤纤维、酸性洗涤纤维、干物质和相对饲用价值的稳定关联位点分别为12个、1个、25个、15个、23个和6个。检测到多效性SNP 39个,可解释7.47%-48.27%的表型变异,均值为19.28%。其中,标记SNP136388_c3_g2_i1与5个性状(CP、CA、NDF、ADF和RFV)显著关联。与4个性状显著关联的多效性SNP有8个,与3个性状显著关联的多效性SNP有30个。