m1A调节因子TRMT61A在肝细胞癌中的表达及作用机制

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背景肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是原发性肝癌的主要组织学类型,占原发性肝癌的90%左右,是我国常见的癌症,发病率和死亡率均位于前列。乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus,HBV)感染,丙型肝炎病毒(Hepatitis C Virus,HCV)感染,酒精性肝病,非酒精性脂肪肝等是HCC发生发展的主要风险因素。早期HCC的主要治疗手段是手术切除,肝移植,射频消融;中晚期HCC的主要治疗方法有局部治疗和系统治疗等。尽管近年来诊断和治疗技术的发展,中晚期HCC的治疗效果仍然非常有限。由于早期诊断困难,多数患者发现时已经是中晚期,5年生存率约12.5%,然而5年复发率高达70%。HCC的高度恶性及异质性是治疗困难的主要原因,具体的发生发展机制是复杂的,至今尚不清楚。因此,进一步探究HCC的发生发展机制,寻找新的有效诊断及治疗方法提高患者生存非常重要。目的在本研究中,我们试图通过生物信息学方法分析m1A(N1-methyladenosine,m1 A)调节因子 tRNA 甲基转移酶 61A(The tRNA Methyltransferase 61 A,TRMT61A)在肝癌中的表达及其与肝癌患者生存的相关性,然后对TRMT61A在肝癌细胞中的表达及其对肝癌细胞恶性生物行为的影响进行探索。我们的研究旨在探索TRMT61A参与肝细胞肝癌发生发展的作用机制,为寻找肝细胞肝癌治疗的新靶点奠定基础。方法1.从癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据集中下载HCC RNA-Seq数据及临床随访数据。用基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)对TRMT61A差异表达富集的通路进行分析。2.正常肝细胞系L02及5个肝癌细胞系(MHCC-97H,MHCC-97L,Bel-7402,SMMC-7721和HepG2)均用DMEM培养基进行培养。将含有TRMT61A shRNA和NC shRNA的慢病毒转染进TRMT61A高表达细胞系,用荧光定量PCR进行敲减效率鉴定。3.荧光定量PCR用于RNA表达定量,western blot用于蛋白表达定量。CCK-8(Cell Counting Kit-8,CCK-8)及EDU(5-Ethynyl-2’-Deoxyuridine,EDU)实验用于检测细胞增殖能力,细胞划痕实验用于检测细胞迁移能力,transwell实验检测细胞侵袭能力,克隆形成实验用于检测肝癌细胞的克隆形成能力。4.所有的数据以均数±标准差的形式表示,t检验用于两组连续变量的比较,Kaplan-Meier生存曲线用于比较基因表达和患者生存的相关性。所有的统计分析用GraphPad(版本9.1.2)和SPSS(版本20.0)进行。P<0.05被认为有统计学意义。结果1.TCGA中374例肝癌组织与50例正常肝组织相比,TRMT61A在肝癌组织中的表达显著高于正常肝组织,且TRMT61A高表达预示患者预后不良。GSEA富集分析显示高表达的TRMT61A显著富集在增殖和转移相关通路。2.与正常肝细胞系L02相比,TRMT61A在多种肝癌细胞系中高表达。TRMT61A敲低组MHCC-97L和Bel-7402细胞的增殖、迁移、侵袭和克隆形成能力显著低于对照组。结论1.TRMT61A在HCC组织和细胞中高表达,且其高表达预示患者预后不良。2.高水平TRMT61A促进HCC细胞的增殖、迁移、侵袭和克隆形成,可能在HCC肿瘤发生发展中扮演重要角色,为肝细胞癌的治疗提供了新的思路,可能成为肝细胞癌治疗的新靶点。
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