巴西橡胶树第12、17和18号连锁群25个遗传标记的物理定位

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巴西橡胶树是天然橡胶的主要来源,也是我国重要的热带作物。前人已先后利用不同的分子标记技术构建了巴西橡胶树的多张遗传图谱,但是遗传图谱与染色体之间的关系尚不明确。将遗传图谱与核型整合,构建分子细胞遗传学图谱,对于基因组序列的正确组装,序列拼接具有重要意义。本研究是以巴西橡胶树热研’7-33-97’品种为材料,利用荧光原位杂交技术和原位PCR技术对Lespinasse等(2000)构建的巴西橡胶树遗传连锁图中的3个连锁群上25个标记位点进行了物理定位,并确定了这3个连锁群与细胞核染色体的对应关系。本研究可为构建完整的橡胶树分子细胞遗传图谱奠定基础,还可为橡胶树分子辅助育种、种质资源鉴定和比较基因组学等研究提供有力的科学依据。本研究所得的具体结果如下:(1)从Lespinasse等(2000)构建的巴西橡胶树遗传图谱中第12号、17和18号连锁群上共选取25个RFLP标记。设计并筛选25对特异引物,经PCR扩增,凝胶电泳检测发现均能扩增出清晰的单一条带,对产物进行回收、测序并通过在线比对发现均属目的序列。(2)在12号连锁群上选取8个遗传标记位点进行了 FISH或原位PCR检测和核型分析,这8个遗传标记位点均被定位在巴西橡胶树热研’7-33-97’品种的第14号染色体上,说明12号连锁群与橡胶树的第14号染色体是对应的。其中gHbCIR387、gHbCIR181、gHbCIR29、gHbCIR513 和 gHbCIR80/317 这 5 个标记位于 14 号染色体短臂上,信号位点至着丝粒的百分距离分别为45.06、38.84、31.86、23.72、和16.90;gHbCIR81、gHbCIR145和gHbCIR164位于第14号染色体长臂上,信号位点至着丝粒的百分距离依次为2.31、29.27和59.77。本研究构建了 14号染色体的细胞遗传图谱。(3)在17号连锁群上选取7个遗传标记位点进行FISH检测,核型分析表明,gHbCIR635、gHbCIR366和gHbCIR339.L2这3个遗传标记均定位在巴西橡胶树热研’7-33-97’品种的第17号染色体短臂上,信号位点至着丝粒的百分距离分别为30.67、6.23 和 2.83;而 gHbCIR586、gHbCIR526、gHbCIR585 和 gHbCIR357 这 4 个标记位于17号染色体长臂上,信号位点至着丝粒的百分距离依次为20.27、42.30、46.79和75.65。由此可知,第17号连锁群与巴西橡胶树热研’7-33-97’的第17号染色体对应,并构建了 17号染色体的细胞遗传图谱。(4)在18号连锁群上选取10个遗传标记位点进行原位PCR检测或FISH检测,核型分析表明,gHbCIR266、gHbCIR41/47、gHbCIR227、gHbCIR443、gHbCIR259、gHbCIR101和gHbCIR618这7个遗传标记均定位在巴西橡胶树热研’7-33-97’品种的第11号染色体短臂上,信号位点至着丝粒的百分距离分别为70.38、57.87、52.92、44.44、40.36、39.83 和 23.05;而 gHbCIR20、gHbCIR423 和 gHbCIR597 这 3 个标记定位在11号染色体长臂上,信号位点至着丝粒的百分距离依次为15.58、29.57和72.08。由此可知,第18号连锁群与巴西橡胶树热研’7-33-97’的第11号染色体对应,并构建了 11号染色体的细胞遗传图谱。
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