为搭建中小企业直接融资平台,缓解中小企业融资难困境,我国在大力推进新三板市场扩容的同时,主要由地方政府主导的区域股权交易市场也逐渐发展壮大。新三板与区域股权交易市场都服务于中小企业,且两个市场提供的融资模式也较为一致,导致两个市场目前竞争多于合作。从国外成熟资本市场的经验来看,构建多层次资本市场可以满足不同类型融资者与投资者的需求,是促进资本市场健康快速发展的重要举措。新三板与区域股权交易市场虽同为中小企业融资平台,但若目标定位明确,两个市场的合作不仅有利于解决中小企业融资问题,也是我国构建多层次资本市场的目的所在。本文共分为六个部分：第一部分主要介绍了文章的研究背景与意义以及文献综述,当前我国正在积极推进多层次资本市场的构建,新三板与区域股权交易市场解决了中小企业融资难这一重要问题,研究两个市场的相互关系可以更好的促进资本市场的健康发展；第二部分对博弈论、比较优势理论、合作竞争理论在研究新三板与区域股权交易市场关系中的应用进行了描述；第三部分概述了新三板与区域股权交易市场的发展情况；第四部分先分别从共性视角和比较优势视角分析了新三板与区域股权交易市场竞争的成因,然后考察了两个市场的竞争现状；第五部分先对新三板与区域股权交易市场的合作动因进行分析,然后列举案例分析新三板与区域股权交易市场的合作；第六部分通过对前面各部分的研究分析得出结论即新三板与区域股权交易市场当前还是以竞争为主,已有初步合作,还有许多需要完善的地方,在良性竞争的前提下,加强合作有利于资本市场的良好发展。同时针对新三板与区域股权交易市场竞争合作的当前状况对两个市场未来的发展提出了对策建议,可以通过明晰两个市场的角色、发挥各自优势、完善相关转板制度以及法律法规等来促进新三板与区域股权交易市场的发展。