对于普通的环境犯罪,乃至因果关系简单的污染型环境犯罪,运用传统的因果关系理论进行因果关系判定即可。但对于一些因果关系复杂的污染型环境犯罪,由于其因果关系的特殊性导致传统因果关系理论在适用中遭遇困境,使一些污染型环境犯罪游离于刑事法网之外。面对这一难题,应突破基于科学法则的传统因果关系理论,运用因果关系推定原则来认定因果关系复杂的污染型环境犯罪以免国家既定的环境刑事政策落空。疫学因果关系理论和间接反证理论本质上都是一种推定,运用了刑事推定。而因果关系推定理论并不是一种新的理论,其是疫学因果关系理论和间接反证理论的综合运用,吸收两者理论之长,补其不足。一方面,吸收了疫学理论的“高度盖然性”的证明标准和间接反证理论的举证责任部分转移,一定程度上降低了控方的举证责任,这对于复杂的污染型环境犯罪因果关系的认定确有必要。另一方面,要求控方要在证明基础事实的前提下才能进行因果关系推定,同时赋予被告方反证权,防止推定的随意性,保证刑法的谦抑性。此外,由于因果关系推定理论,是对传统刑事理论的突破,用之不当将不利于被告方,因此为了达到惩罚犯罪与保障人权的统一,必须对因果关系推定原则进行必要的限制。