本文对应用DNA计算机解决代数运算中的减法、除法问题进行了研究，主要给出了三种算法分别解决减法、除法。减法的DNA算法理论主要是来源于串行思路中的算法，它是将每一位上的两个减数对的所有可能进行全列举，同时考虑每一位上的两种借位信息，使得运算进行自动选择，一步即可得到最终结果的算法；除法中一位数除多位数的算法还是从我们平时所进行的串行运算中得到启发而设计的算法；而除法的多位计算思路则来源于史丰收速算法，将算法中的口诀及技巧应用到DNA链当中，使得传统中的代数运算能够并行的得到最终的结果，这三种算法的设计都使得计算步骤减少，从根本上改变了算法的运算机制。 文章同时还计算了各种算法的复杂度，从理论上验证了DNA计算在并行计算上的优越性；同时也进行了编程的处理，编码方式十分简单、直观，编码具有规律性，易于实现，在实践中验证了算法的正确性。