随着现代企业制度的建立和逐步完善,公司越来越注意到依法治企的重要意义,公司依据其自主权制定的国家法律体系以外的自制规章在公司运行中起着规范公司相关主体行为的重要作用,合法的公司自制规章能够保障公司良性发展和自主权的行使。但公司自制规章本身并不完善,在公司自制规章操作中仍存在一些问题,使职工、股东的权益不同程度受到侵害。公司与员工之间,公司股东之间关于自制规章引发的诉讼纠纷频频发生,引起了法学理论界和实务界对公司自制规章的关注。但相关问题研究并没有真正上升到理论层面,缺乏系统深入的研究。鉴于公司自制规章有规范公司相关主体的类似法律的作用,有必要对其进行合法性分析。我国公司自制规章存在的合法性问题主要表现在实体和程序两个方面,而对实体和程序中存在的问题又可以从合法律性、合理性、合实效性三个维度进行分析。因此,现阶段我国加强公司自制规章建设的重点是运用法哲学、法社会学、法文化学等研究方法对公司自制规章实体和程序中存在的问题进行分析,深入剖析其产生的原因。并提出加强和完善公司自制规章建设的对策。