全球生物药品市场规模每年正以15%～18%的增速持续快速发展，此增速远高于全球经济和传统药品市场的增速。生物医药产业在我国受到了的高度重视，各地政府针对生物医药产业出台了多项支持政策和措施，将其列为主导产业，兴建了多个生物医药园区，并建设了生物医药的专业孵化器和平台。目前我国的生物医药孵化器呈现多样化、多元化的发展态势，还没有公认的值得推广的服务模式和运作方式。乌鲁木齐高新技术产业开发区（以下简称高新区）作为新疆的高新技术产业区，是新疆高新技术最主要的承载地。研究乌鲁木齐高新区生物医药孵化器运营管理模式，可以确保乌鲁木齐高新区生物医药孵化器良性运转，实现最优化，并充分发挥其在区域生物医药产业快速发展中的平台作用。本文在分析乌鲁木齐高新区生物医药孵化器运营管理中存在的问题的基础上，从管理、赢利以及资本运营三个方面对高新区生物医药孵化器的运营模式进行研究分析，借鉴目前国内外成功案例，结合高新区发展实际，提出乌鲁木齐高新区生物医药孵化器运营管理的新思路，从组织管理、政策保障、投融资保障、人才引进、信息服务、加大招商引资等六个方面提出完善乌鲁木齐高新区生物医药孵化器运营管理的具体保障措施，探索乌鲁木齐高新区生物医药孵化器运营管理的新模式，建议采用“全资公司管理”模式，引进成熟的管理团队，为企业提供服务采取专业团队运作及服务外包相结合的模式，政府给予适度的补贴；对初级、中级、高级企业采用不同的费率收取专业服务费及平台服务费，采取级差化管理。通过建立技术创新联盟，建好专业孵化器，打出新疆药·放心药的集群品牌，将新疆民族药产业、健康产业、特色民族药深加工产业作为打通国际医药交流通道的切入点，与兄弟高新区一起寻找属于高新区（新市区）的蓝海战略及绿海战略。