近年来随着社会主义新农村建设步伐的加快，中央和地方财政用于三农的支出也逐年增加，这些资金的投入对提高农民收入、改善农村基础设施等发挥了重要作用。但是农业专项资金的使用和管理还存在诸多问题，如立项环节缺乏科学决策、验收环节缺乏科学评估、项目效益差、效率低、一个项目以多个名目重复申报或一个项目多个部门申报的现象等问题依然比较突出，这些问题如果得不到根本解决，政府投入农业的专项资金就不能发挥应有的效应，造成国家专项资金的浪费，直接影响国家和省市有关政策的贯彻落实情况，严重影响到新农村建设的顺利开展，因此，如何科学、合理地引导农业专项资金的投入和使用，保证投入农村的专项资金使用的经济性、效率性、效果性，已成为社会主义新农村建设中的一项重要工作。然而传统的财务审计仅能就资金使用的合法性、合规性发表意见，对于资金使用的效果和效率，财务审计则无能为力。同时，目前我国还未形成一整套建立在科学数据和调查分析基础上的农业专项资金绩效审计指标体系，不能满足不同省份、不同类型专项资金等各方面进行综合、立体评价的需要。因此开展农业专项资金绩效审计十分必要和迫切，它不仅能提高资金使用效率和效果、遏制重复扶持和浪费，同时也是提高政府威信，增强审计监督权威性的重要保障，具有积极的现实意义。本文从农业专项投资和绩效审计相关的理论入手，分析实施绩效审计的现实必要性，同时以安徽省农村沼气专项资金绩效审计为研究对象，对安徽省部分地区的农业专项资金绩效审计情况开展问卷调查，对调查问卷采用定性与定量相结合的方法对安徽省农业专项资金的投资和效益进行分析，再运用比较分析法通过与安徽省农业专项资金绩效审计标准进行比较分析安徽省农业资金的利用水平及效果，以期发现安徽省农业专项资金存在的问题及原因，同时借鉴国外政府绩效审计的理论研究成果和实践经验，提出推进我国农业专项资金绩效审计发展的对策建议进而得出审计结论并给出审计意见，为相关部门做出更科学的决策提供参考。这对促进我国绩效审计的发展和提高农业专项资金的绩效审计水平等都具有一定的现实意义。