为研究湖北省恩施市马水河老渡口水电工程对二蹬岩林麝、猕猴自然保护小区植物多样性的影响，本论文对保护区所辖的483m高程的水库淹没区、工程施工区、大坝下游区及483m淹没线以上的自然保护区进行了植物多样性保护的系统调查，研究结果表明：二蹬岩林麝、猕猴自然保护区植物资源丰富，维管植物共计121科、309属、504种，其中蕨类植物14科、19属、22种；裸子植物4科、5属、5种；被子植物103科、285属、477种；植物群落主要包括竹林、常绿阔叶林、落叶阔叶林、灌草丛林、常绿针叶林等植被类型。本研究通过淹没区对国家重点保护植物和国家珍贵树种、工程运行期对自然保护小区内植物区系及植被的植物多样性影响因素的分析，特别是该保护区作为保护林麝和猕猴的省级专类自然保护区，对由于水电工程建设对其食源和栖息环境产生的影响也作了适当的分析，并在此基础上根据研究区域的实际情况，运用生态学和保护学的基本原理，提出了为减少水电工程施工对二蹬岩自然保护小区内植被多样性影响的6种保护对策和措施，为研究区生物多样性的维持和生态系统的稳定性提供科学的方法。最后，用科学发展观分析和讨论中小型水电开发与当地自然保护区生物多样性保护的辩证关系，为今后我省山区实施中小水利水电建设如何实行生态、经济和谐发展提供科学的佐证和依据。