长蛸（Octopus minor）是我国北方沿海重要的经济头足类，营养价值高，深受消费者喜爱。由于人工养殖技术还未成熟，长蛸仍为野生群体。近年来,捕捞量的加大使得长蛸自然资源减少。目前尚缺乏系统研究长蛸群体遗传多样性和遗传结构的报道。10个长蛸地理群体样品分别采自我国沿海辽宁大连、山东莱州、山东烟台市区、山东荣成、江苏赣榆、浙江嵊泗、浙江南麂岛、福建连江、福建泉港、台湾宜兰,共计334个个体。采用形态学测量的多元分析方法，并与微卫星DNA分子标记技术相结合，从表观及分子水平对中国沿海长蛸群体的遗传结构进行分析，为合理保护和管理长蛸种质资源提供基础资料。本研究的主要结果总结如下：1.采用多变量形态测量的方法对中国沿海长蛸10个自然群体的形态指标进行分析。结果表明长蛸腕式为1>2>3>4，腕间膜式为A>B>C>D>E，体长、体重、胴性状及漏斗性状间相关性均达到显著水平。基于多元分析方法对群体间形态性状差异进行分析。主成分分析构建了两个主成分，累计贡献率达97.090%，表明长蛸适宜用几个相互独立的因子来解释不同群体间的差异性。采用逐步判别分析方法建立10个群体的判别函数，综合判别准确率为70.1%，判别效果较为理想。基于判别函数散点图可以清晰区分宜兰群体与其他群体，并可以分开南北方群体。单因素方差分析显示：腕吸盘数目在大连、莱州、烟台与宜兰群体间无显著差异；荣成与赣榆、南麂岛与泉港群体间腕吸盘数接近，而这四个群体间无显著性差异；嵊泗与连江群体吸盘数接近且是最多的，并与其他群体差异显著。聚类分析将10个群体聚为两大类，大连、烟台、莱州、荣成、宜兰、赣榆6个群体聚为一类，嵊泗、连江、泉港、南麂岛4个群体聚为一类，其中宜兰群体与北方群体聚为一类并与赣榆群体间距离较近。2.利用8个微卫星标记分析了中国沿海长蛸10个地理群体的遗传多样性与遗传结构。8个SSR标记在群体中的多态性较好，各位点等位基因数范围为11-25平均观察杂合度范围为0.412-0.900，平均期待杂合度范围0.337-0.845。群体间遗传分化系数Fst值均达到显著水平，总遗传分化系数（Fst）为0.198，表明我国沿海长蛸群体间较大的遗传分化现象。其中宜兰群体与其他群体间分化系数达到0.3以上，其分化程度可能已达到亚种。分子方差分析表明群体内变异占总变异的大部分(70.006%)，而组间(14.551%)及组内群体间(15.443%)变异也均达到显著性水平。Mantel检测结果表明长蛸群体间存在明显的地理隔离现象，群体间分化符合距离隔离模式(R=0.383，P=0.004）。基于Dc值分别构建了9个地理群体(不包含宜兰群体)及10个地理群体的邻接树。构建的邻接树将9个地理群体分为三组，南方4个群体（嵊泗、南麂岛、连江、泉港）为一组，北方4个群体（大连、烟台、荣成、莱州）为一组，赣榆群体单独一组；10个群体的邻接树将宜兰群体单独划为一组，并在距离上与赣榆群体接近。基于Bayesian分析也将南北方群体区分开，并显示台湾群体与北方群体特别是赣榆群体间相似性大一些。SSR分析结果与形态分析结果大体相似。基于Fst值、Dc值及聚类分析均表明台湾宜兰群体的异质性及与赣榆群体间的相对同质性。研究表明中国沿海长蛸群体间显著地遗传结构是地理屏障、海流特征及物种生活史等因素综合作用的结果。