南海所属的东沙、西沙、中沙和南沙群岛，主要由珊瑚礁组成，这些珊瑚礁中蕴藏着种类丰富的鱼类生物。本研究根据南海珊瑚礁海域鱼类调查研究的历史资料，对各珊瑚礁群记录的鱼类物种数目进行了系统整理，结果显示目前东沙群岛珊瑚礁海域记录鱼类物种514种，西沙和中沙群岛记录620种，南沙群岛记录548种，总计则为981种，都以鲈形目鱼类为主，但各礁群和总共记录的鱼类物种数目均少于全球生境相似的海域和预测的物种数目，可能是由于调查次数较少的缘故。 根据鱼类种类组成用统计检验对东沙群岛、西沙和中沙群岛、南沙群岛、卡拉棉群岛、米尔恩湾的天竺鲷科、蝴蝶鱼科、隆头鱼科、雀鲷科、刺尾鱼科、鹦嘴鱼科、鲥科、鲹科、鳂科、羊鱼科等10科典型珊瑚礁鱼类科的相对丰富度的差异性进行了测试，结果表明上述海域10科鱼类的相对丰富度差异均不显著。 根据鱼类物种组成计算了东沙群岛、西沙和中沙群岛及南沙群岛珊瑚礁海域鱼类的分类学多样性指数值，结果显示东沙平均分类差异指数△+为55.1，分类差异变异指数△+为121；西沙和中沙△+为60.2，△+为164；南沙△+为56.6，△+为150；所有珊瑚礁海域鱼类△+均小于长江口、东海陆架和黄渤海，反映了总体上珊瑚礁海域鱼类亲缘关系要比陆架和河口鱼类近。而△+的分布则有所不同，所有珊瑚礁海域鱼类△+低于长江口和黄渤海鱼类，但都高于东海陆架。 根据物种组成计算了西沙群岛16座岛礁的G-F多样性测度。结果显示西沙各岛礁之间的G-指数、F-指数和G-F指数差异均较大，与岛礁记录的物种数目差异较大有关。为避免个别岛礁G-F指数为负的情况，采用了改进的G-F指数与物种数目对数为正相关，能较好地体现研究区域生境的复杂程度，G-F多样性测度较高同时也是物种数目较大的岛礁如永兴岛、华光礁、东岛等应该成为珊瑚礁海域鱼类保护的重点区域。 南海珊瑚礁海域鱼类地理分布主要分为印度-太平洋、印度-西太平洋、西太平洋等几种类型，这三种类型占了各礁群以及全部鱼类种类数目的75％以上。环热带种出现频率也较高，这些鱼类以游泳能力较强的鱼类如鲨鱼等居多。西沙群岛记录的尖尾新丝隆头鱼为该海区的特有鱼类。计算了东沙群岛、西沙和中沙群岛、南沙群岛之间以及他们与卡拉棉群岛、米尔恩湾和南沙群岛西南陆架、南海北部陆架鱼类种和科相似性系数，结果表明珊瑚礁海域之间的种和科相似性系数、共有的物种数目均高于珊瑚礁海域与陆架鱼类。对南海珊瑚礁海域总的鱼类物种数目鱼类与其他海域共有种数目进行了对比，显示南海珊瑚礁海域记录鱼类与同位于西太平洋地区的台湾省关系最为密切，共有种有839种，菲律宾(794)，印度尼西亚(689)，澳大利亚大堡礁(660)，太平洋中部群岛(433)，阿拉伯海(280)，夏威夷(255)，东太平洋(135)，南海北部陆架(104)，南沙群岛西南陆架(90)，而与加勒比海区相差较大，共有种只有49种。本研究支持将南海珊瑚礁海域鱼类划为印-马亚区的结论。