我国于1982年设立自然科学基金,1986年成立国家自然科学基金委员会.科学基金制的实施对推动中国科学技术的发展起到了巨大作用.随着中国经济的发展,特别是近年的迅猛发展,国家对科学基金的投入逐年上升,从1982年的3000万元达到2003年的20亿元.自然科学基金的投入,产出许多优秀的科研成果,培养造就出成批的科研人员.国家自然科学基金委员会作为自然科学基金的管理机构,为完善科学基金制,不断进行探索和实践.按照"平等竞争、科学民主、激励创新"的运行机制进行管理;遵循"依靠专家、发扬民主、择优支持、公正合理"的原则立项资助;在项目的评审立项过程中,坚持"公开、公平、公正"的评审原则.国家自然科学基金委员会按照这些原则和机制遴选并资助的项目被科学界视为国内最高研究水平.时代在进步,社会在发展.新的形势使自然科学基金的管理体系不能仅停留在初始水平,必须适应中国深化体制改革的整体步伐,与时俱进.作为科学研究本身的管理体系,科学基金的管理体系更应该走在体制改革的前列,起到示范和带动作用.而现实情况却是,科学基金的管理体系,乃至我们的整个科技体制,呈现出落后于整体经济体制改革的局面.主要表现在:经费管理采取简单的计划方式,缺乏清晰的收支预算和决算管理;评审机制趋于保守僵化,具有很强创新性的"非共识"项目难以获得资助;缺乏现代的管理理念和机制,经验性管理造成的低效、无序现象难以根本改变.本文根据如上情况进行了有针对性的的研究工作.通过资助计划制定和年度支出预算的协调关系模型、项目遴选过程中同行评议异同特征和项目管理流程优化设计等三个方面的研究,构建出一个关于国家自然科学基金管理的现代新型体系框架.创新之处体现在:(1)在建立科学基金计划和预算的协调模型中,提出计划批准对年度支出敏感度的概念,设计了对经费使用的计划和支出纵横两维拨付的动态监控方法.并且通过模型的计算,可以快速给出综合考虑资助计划发展和使用经费有效两个方面的因素的多种方案,供决策者参考.(2)在科学基金项目评审系统中,提出异同性的概念.通过对项目评议情况异同性的分析,能够很好地掌握评审系统的特点,对产生的评审结果有一个正确的判断,从而选择出优秀的"非共识"创新项目.另一方面,通过对某一特定专家与同组其他评议专家的差异分析,了解其评议行为特征,可以更好地理解和掌握这个专家给出的评价意见.(3)在科学基金项目管理流程的优化设计中,引入业务流程再造理论,建立以网络信息技术为平台的管理流程必须恪守的准则.根据准则建立的信息管理平台不仅强化管理的规范性,而且提高了工作效率.解决以上三个问题,自然科学基金管理体系将跃上一个新台阶.本人在自然科学基金委员会计划管理部门工作多年,一直在从事并研究科研管理工作.本论文正是从实际工作中提炼出来,经过深入研究完成,并正在或即将指导实际的管理工作.