自然环境中富含芳香酸,多酚和天然有机物（NOM）的高度复杂的分子团与环境介质中的矿物粒子相互作用时,由于复杂环境中不存在结构周期性,因此不可能获得独特的分子结构-聚集几何关系。因此,这对矿物与简单有机酸和多酚相互作用产生的集合体的几何结构研究提供了必要的框架,以使结构组成和整体几何结构之间具有所需的相关性。这些即使在相对复杂的分子团簇中也可以通过对结构的识别来鉴定分子标记。在这项工作中,研究了在没食子酸（GA）和单宁酸（TA）存在下,在土壤环境中存在无机和有机阳离子的情况下赤铁矿纳米颗粒的自组装行为。我们还使用复杂的NOM馏分（包括Suwannee River富里酸（FA）和Amherst泥炭腐殖酸（HA））扩展了这项研究,以识别这些团聚体中功能分子的空间分布。纳米赤铁矿的分子框架辅助组装在原始的土壤团聚体形成的过程中使土壤颗粒具有凝聚力以及保持土壤有机碳抵抗微生物降解有关。此外,这些独特的混合体系可以用作具有多种潜在应用的岩土材料。在体系中有GA,TA和FA和各种阳离子存在下,天然存在的纳米级赤铁矿的超分子骨架控制的自组装形成有序聚集体。与富含羧酸盐的生物分子介导的随机聚集不同,酚类组分对聚集体的生长具有明显的分子调控作用。在强水合碱土金属离子存在下,GA形成了连环纳米环,该连环纳米环的自发异构化生成纳米螺旋结构。纳米环的互锁和组装结构的拓扑生长已显示出与具有链烯的DNA拓扑异构体的形态相似性。根据Helfrich模型,由于吸附在赤铁矿纳米颗粒表面的GA有机分子的高斯曲率使得分子弯曲而导致在Mg²⁺存在时组装形成该结构。然而,弱水合阳离子介导的芳香环的π电子云的较强极化率最终导致赤铁矿管状结构的形成。纳米环的一维堆叠最终形成了卷曲螺旋赤铁矿纳米管。由于螺旋位错驱动的二维成核作用,在弱水合二价阳离子存在下多酚TA和赤铁矿混合物的相互作用产生了超晶格薄膜。位错核附近新生成的台阶的生长速率相似,且初始台阶远离螺旋核的向外运动导致二维传播,而不是遵循Burton-Cabrera-Frank（BCF）晶体生长模型三维生长。在赤铁矿纳米颗粒存在下,无机阳离子与FA的相互作用表现出更为复杂的组装形成。在大量水合Mg²⁺存在的情况下,羧酸根离子与酚的比例增加,以及可能存在的含氮席夫碱（Schiff’s base）物种,可能有助于赤铁矿纳米颗粒组件神经网络状生长。聚电解质缩合模型和FA中表面电荷的不对称分布可能有助于这种组装的增长。“树突”是由赤铁矿纳米颗粒的螺旋组装产生,这是由于拓扑辅助生长导致的。HA与有机阳离子的相互作用亦可检测到类似的组装形成。因此,尽管NOM非常复杂,尤其是纳米级矿物,但仍可以建立经验分子特征和聚集体几何关系。土壤团聚体的稳定性对于维持农业生产力,防止土壤侵蚀以及通过土壤与水的界面消散污染物离子以及防止土壤碳降解至关重要。然而,自然环境中丰富的二氧化硅和粘土胶体的相似表面电荷限制了这些颗粒向稳定的土壤聚集体形成的可能性,这是根据原子力显微镜检测合成的二氧化硅胶体探针和新鲜裂解的云母之间的力与距离（F vs D）图谱确定的。然而,在云母表面上形成的赤铁矿NPs薄膜减少了与二氧化硅探针的静电的排斥,而这可以作为一种有效的胶结剂。构成薄膜的赤铁矿纳米颗粒的两性性质表现出强烈的p H依赖性使其作为有效的胶结剂的应用受到限制。此外,根据F vs D纳米力学数据,聚阴离子腐殖酸（HA）介导的表面改性和表面电荷降低了形成稳定的土壤团聚体的可能性。天然存在的碱土金属离子虽然减少了远距离静电排斥,但基本上不能对二氧化硅探针的粘附行为做出贡献。阳离子的水合和渗透通过HA有机刷层包裹的赤铁矿-云母以及膜的脱水作用大大降低了阳离子的附着力。但是,在存在氢键供体有机胍（Gd⁺）阳离子存在的情况下,二氧化硅探针与HA修饰的赤铁矿-云母之间有着更高的粘附。该物质在贻贝足蛋白中含量丰富。由于HA与Gd⁺的相互作用,在纳米管一维堆积时产生的多孔纳米通道,增强了界面持水能力,从而提高了粘附力。这与的蛋白质辅助DNA片段桥接一致。与HA不同,TA修饰的赤铁矿-云母在存在无机阳离子的情况下与二氧化硅探针的粘附更高。弱水合阳离子可增强π电子云的极化能力,并且分子堆积和形成的多孔网络结构可防止膜脱水并增强与二氧化硅探针的胶体粘附力。通过等温滴定量热分析和热力学参数评价确定的热力学参数评价也支持了黏附机理。