TCGA和ACRG分型在河北省胃癌人群中应用价值的研究

来源 :河北医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:uuvvuu11
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
胃癌(gastric cancer,GC)是源于胃的恶性肿瘤,是全世界最常见的恶性肿瘤之一,也是癌症相关死亡主要原因。胃癌作为最常见的癌症之一,每年男性发病率为每100000人中有18例,女性发病率为每100000人中有9例。胃癌的形成机制复杂,主要涉及基因修复功能异常、细胞生长、死亡和凋亡基因的功能紊乱等,相关研究发现不同类型的胃癌存在不同发展机制、检测标记物、临床病理特征。为了明确胃癌的发展机制,为胃癌的治疗提供新的证据和方向,改善患者预后,研究胃癌分类的相关分子机制至关重要。TCGA分型和ACRG分型是近些年学者们提出的新的胃癌相关的分子分型方法,该分型方法的提出可以弥补传统病理分型的不足,为胃癌个体化治疗奠定基础。TCGA分型主要来源于欧洲人群,而ACRG分型来源于亚洲人群,主要来自日本和韩国,这两种分型在基因扩增、基因突变、临床特征、预后等各个方面均有显著的研究价值,对于临床的精准个体化治疗有重要意义。然而,TCGA分型和ACRG分型在河北省人群中的临床特征及其与临床参数和预后的关系尚不清楚。本研究旨在通过使用免疫组织化学(IHC)和二代测序(NGS)进行肿瘤分型,探讨两种分型方法和胃癌的临床病理特征、预后的关系,并通过大数据深入挖掘研究胃癌发生发展的分子机制,为胃癌研究提供新的方向和实验理论。第一部分 ACRG分型在河北省胃癌人群中的临床特征及预后意义目的:研究ACRG分型在GC组织中的表达情况,探讨胃癌分子分型、临床病理特征与预后的关系。进一步明确ACRG分型是否适用于河北人群,探讨ACRG分型对预后的影响。方法:1.采用免疫组化染色法检测65例患者GC组织中MDM2,P21,E-钙粘蛋白和波形蛋白表达水平。2.分析相关蛋白的表达水平与GC患者临床病理特征的相关性。结果:1.IHC染色显示MLH1,MDM2和P21蛋白主要位于细胞核中,而E-钙粘蛋白和波形蛋白则主要在肿瘤细胞的细胞质和膜中表达。2.不同年龄段(≤60岁和>60岁)胃癌病人的MLH1和MDM2表达水平有统计学差异(P<0.05)。3.E-钙粘蛋白和波形蛋白在不同位置的表达水平有统计学差异(P<0.05)。4.四种ACRG分子分型的GC患者在性别、年龄、肿瘤位置、Lauren分型或术后辅助治疗类型上均无明显差异(P>0.05)。5.MSS/TP53+胃癌在胃食管结合部(EGJ)(10.3%)显示出低频率,而大多数MSS/TP53-胃癌存在于远端胃(41.7%)。6.MSS/EMT GC患者倾向为弥漫型(53.8%),而MSS/TP53-GC患者为肠型(57.1%;MSS/TP53-GC患者倾向于肠型)。7.MSI与MSS/EMT预后明显不同(P<0.001),MSS/EMT与MSS/TP53-预后明显不同(P<0.001)。MSS/EMT预后最差,其次为MSS/TP53-、MSS/TP53+、MSI。8.ACRG分子分型(P=0.045)、Lauren分型(P=0.001)和辅助治疗(P=0.013)与GC的总生存率(OS)相关。小结:1.MLH1和MDM2蛋白与年龄显著相关。2.E-钙粘蛋白和波形蛋白与肿瘤的位置显著相关。3.MSS/EMT胃癌患者倾向为弥漫型,而MSS/TP53-胃癌患者则倾向为肠型。大多数MSS/TP53-胃癌存在于远端胃。4.在所有ACRG分型中,MSI的OS最好,复发率最低。第二部分 TCGA分型在河北省胃癌人群中的临床特征及预后意义目的:采用二代测序对胃癌进行综合分析,根据TCGA分型对65例胃癌患者进行分类。探讨胃癌分子分型、临床病理特征与预后的关系。进一步明确TCGA分型是否适用于河北人群,评价TCGA胃癌分子分型对预后的影响。方法:1.采用二代测序方法对65例患者GC组织的基因突变进行筛选和注释。2.应用相关统计学分析TCGA与GC患者OS之间的关系。结果:1.NGS测序结果显示在65例GC病例中,EBV+为6例(9.2%),MSI为15例(23.1%),GS为14例(21.5%),CIN为30例(46.2%)2.MSI在女性中更为常见(53.3%),而EBV+在男性中更为常见(83.3%)。3.65例胃癌中,TP53的突变率为80.0%,扩增百分比CCNE1为20.0%4.弥漫型、GS分子、MSS/EMT和接受XELOX辅助化疗患者的预后最差。5.Kaplan-Meier图显示多基因突变患者的预后较差。单变量和多变量分析表明TP53突变的患者(危险比=4.193,95%置信区间=1.260-13.945)的预后较差。小结:1.MSI和EBV+发生的概率有性别差异;2.GS和MSI在不同的年龄段发生概率有差异;3.CIN胃癌在胃食管连接处更为常见;4.弥漫型、GS分子、MSS/EMT和接受XELOX辅助化疗的患者的预后最差;5.突变率最高的基因是TP53,扩增百分比最高的是CCNE1;6.多基因突变患者的预后较差;7.TP53突变是GC的独立预后指标。第三部分 ACRG亚型MSI和EMT存在预后差异的分子机制探索目的:利用来自NCBI的基因表达数据库(GEO)、癌症基因组的大型公共数据集数据库(TCGA)研究ACRG分型的生物信息分析,并探讨其在胃癌中的临床意义,对MSI和EMT突变频率进行分析,探讨MSI和EMT相关的差异表达基因,并进行GO富集分析和KEGG分析,对MSI和EMT相关基因和通路进行分类。从基因层面探讨MSI和EMT型胃癌的影响因素。方法:1.利用TCGA数据库和来源于NCBI的GEO数据库中的数据,分析比较TCGA数据库与GSE62254数据集中MSI和EMT表达水平的差异,探讨GC患者预后。2.对MSI和EMT相关的差异表达基因进行GO富集分析和KEGG分析。3.单变量Cox风险回归分析来探讨差异基因与胃癌患者预后的关系。结果:1.对GSE62254胃癌数据集和TCGA数据库的综合分析显示,EMT阳性与不良总体存活显著相关,且MSI的总体生存显著优于EMT。2.MSI的突变频率明显高于EMT。3.8个基因与胃癌患者EMT和MSI分型显著相关,分别是THBS4、CPE、RSPO3、APOD、CRISPLD1、GHR、SFRP4、NAP1L3。4.THBS4、CPE、RSPO3、APOD、CRISPLD1、GHR、SFRP4、NAP1L3在EMT患者中表达量显著高于MSI,且有统计学差异。小结:1.MSI的突变频率明显高于EMT;2.MSI患者的总体生存显著优于EMT;3.通过生物信息学分析发现THBS4、CPE、RSPO3、APOD、CRISPLD1、GHR、SFRP4、NAP1L3与胃癌患者的分类及预后显著相关;4.THBS4、CPE、RSPO3、APOD、CRISPLD1、GHR、SFRP4、NAP1L3在EMT患者中表达量显著高于MSI,且有统计学差异。
其他文献
睡眠呼吸障碍疾病(sleep-related disordered breathing,SRDB)是一组以睡眠中呼吸异常为主要表现的疾病,表现为在睡眠过程中反复出现呼吸暂停或低通气。SRDB主要包括阻塞性睡眠呼吸暂停、睡眠相关性肺泡低通气和中枢性睡眠呼吸暂停等。其中,先天性中枢性低通气综合征(congenital central hypoventilation syndrome,CCHS)是一种罕
第一部分健康成年人两种不同站立姿势时全身矢状位影像学分析目的:对于脊柱畸形需接受矫形手术治疗的患者,术前会进行包括X线、CT、MRI等在内的一系列影像学检查,其中X线是至关重要的组成部分。在进行X线检查时,患者多被要求以特定的姿势站立,而这种姿势,并不是患者在日常生活中最常用的站立或者行走姿势。在日常生活中,人们多会以一种可以使自己感受到舒适和放松的姿势进行站立和活动以节约能量。回顾国内外的相关研
血管性痴呆(VaD)约占所有痴呆患者的17-20%,是继阿尔茨海默氏病(AD)之后的第二大痴呆形式,在老年人群中流行。VaD可由供血减少引起,这可能与中风有关,也可能与中风无关。VaD的诊断不足、缺乏治疗选择、预期寿命的增加以及罹患高血压、心脏病、糖尿病、代谢综合征和中风等危险因素人口的稳步增长,都要求开发VaD的治疗方法。目前尚没有FDA批准的VaD治疗方案,一些研究旨在开发一个良好的VaD动物
在我国及世界范围内,肺癌的发病率及死亡率均位于常见恶性肿瘤的前列。非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)为最主要的组织学类型,主要包括鳞癌与腺癌等。深入探讨NSCLC的病因及发病机制对于肺癌的有效治疗具有重要意义。长链非编码RNA(Long non-codingRNA,LncRNA)指长度大于200个核苷酸的非编码RNA,可参与细胞内X染色体沉默、基因印记
近年来免疫检查点抑制剂程序性死亡受体-1(Programmed cell death protein-1,PD-1)和其配体(PD-L1)的抗体在肺癌治疗中发挥了十分重要的作用,可有效抑制肿瘤的增长,延长了患者的生存期。但是在临床使用过程中,单纯应用PD-1抗体或者PD-L1抗体,未获得满意的临床疗效。原因之一为肺癌细胞表面表达PD-L1,其与机体内PD-1结合导致肿瘤免疫逃逸。半乳糖凝集素-3(
糖尿病是一组由多种病因引起的以长期高血糖为特征的慢性代谢性疾病。随着人们生活水平提高和人口老龄化加剧,糖尿病患病率也逐年增加。据估计到2030年全球将有近5.5亿糖尿病患者。我国最新的流行病学调查数据则显示糖尿病患病率高达11.2%,其中2型糖尿病占90.0%以上。2型糖尿病的主要临床特征之一是胰岛素抵抗,长期糖脂及蛋白质代谢紊乱可引起机体多系统损害,不仅导致眼、肾脏、神经、心脏、血管等多个组织器
脉络膜是眼部血管最为丰富的组织结构,在人眼解剖结构、生理代谢、光保护作用以及免疫中起到重要作用。但由于其位于视网膜色素上皮下,故其成像受到色素上皮遮蔽的影响,普通影像学检查无法对脉络膜病灶进行全面而清晰的呈现。眼底影像学的进步为脉络膜成像提供了工具,也从不同角度评估脉络膜的形态改变。1956年应用眼部B超首次描述了脉络膜的形态,1973年吲哚箐绿脉络膜造影(Indocyanine Green An
第一部分慢性间歇性低压低氧通过促进血管生成减轻小鼠后肢缺血性损伤本研究旨在观察慢性间歇性低压低氧(chronic intermittent hypobaric hypoxia,CIHH)对小鼠肢体缺血性损伤的保护作用并探讨其机制。C57BL/6小鼠随机分为3组:后肢缺血损伤模型组(Ischemia),CIHH预处理+后肢缺血损伤组(CIHH+Ischemia)和假手术组(Sham)。Ischemi
喉癌是耳鼻喉科最常见的恶性肿瘤之一,其主要病理类型为喉鳞状细胞癌(laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC)。根据其原发部位的不同,主要分为声门型、声门上型和声门下型喉癌,声门型喉癌最为常见。2018年,全世界喉癌的新发病例是177,422例,约占总的全身恶性肿瘤新发病例的1%左右,其导致的死亡病例为94,771例,且近年来,全球的喉癌发病率在逐年上升。随着人们
目的:心房颤动是临床上常见的心律失常,尤其是老年人,严重影响人们的健康和生活。外泌体是由各种细胞分泌的一种脂质双层封闭的细胞外小囊泡,它被体内的多种类型的细胞分泌排出细胞进入体液,均可携带具有功能活性的囊泡内容物进行细胞间的生物信号传递,在机体生理和病理过程中都发挥着重要作用。外泌体参与了机体各种复杂的生物学效应,如调控细胞的分化、增殖、衰老、凋亡等。在心血管系统,外泌体参与了心肌细胞的存活、心室