改革开放以来,乡镇企业大发展、农民建房热潮、以及工业化和城市化进程的加快占用了大量耕地,党中央、国务院提出“十分珍惜和合理利用每寸土地,切实保护耕地”的基本国策,一系列耕地保护政策相继出台,但仍然有一些地方出现乱占滥用耕地、违背农民意愿强行征地等现象,侵害了农民权益,减少了耕地数量,影响了耕地质量。2009-2014年中央1号文件反复强调农村集体土地确权工作,各地区也纷纷出台了集体土地确权政策,为掌握农村土地承包经营情况,保障农民土地权益发挥了积极作用。但是集体土地确权对耕地保护的影响如何,有待于进一步研究。本文从我国现行耕地保护政策的执行效果入手,分析我国耕地流失与质量下降的原因,探讨在集体土地确权情况下,农民的土地确权意愿及主要影响因素,研究不同利益主体在土地确权和耕地保护中做出的理性选择,从耕地的质量、数量及利用率等角度分析集体土地确权对耕地保护的影响,最后提出结论和建议。论文的研究内容分为五个部分：一是对国内外耕地保护政策进行比较,分析我国耕地保护政策的执行效果；二是选取我国典型地区的农地确权情况进行分析,探讨其成功经验；三是对农地确权意愿及行为进行实证分析；四是根据农地确权主体的目标和行为对农地确权与耕地保护主体进行利益博弈分析；五是分析农地确权对耕地保护的影响,探讨其对土地流转、土地征用、土地数量、土地质量和土地利用率的影响。研究发现：(1)农民土地确权登记颁证的面积与实际测量面积不符,以第二轮土地承包经营为基础确权,出现一块土地、两本账户现象,既不能体现真实的耕地数量,也会使没有分到土地的农民失去分配土地的机会,成为真正的无地农民。(2)很多地区土地确权后建立了土地流转市场或土地使用权交易中心,有些地区采用确权确股不确地的方式确认农民的土地承包经营权,对于文化水平较低、年龄较大、且没有务工技能的农民,农地流转后,生活水平可能下降。(3)农民的土地确权意愿随着人均耕地面积、人均种植业纯收入、人均经商或加工业收入的增加而增加。但就农民现有知识技能和种地经验来说,很难对耕地质量有更大的提升。(4)当中央政府作为委托人,地方政府、村集体组织和农户作为代理人时,地方政府和村集体组织在利益博弈中会减少对耕地的保护,而土地确权有助于农民增强对耕地的保护。(5)农地确权在一定程度上促进了土地流转；可以有效减少政府的征地行为,减轻政府、企事业单位、村集体和农户违法占用耕地和囤地现象,提高耕地利用率。据此,建议：(1)自上而下制定统一的集体土地确权规则,根据农民实际情况,查找底账,按照农民在二轮土地承包期实际承包地面积进行确权,保持农村稳定。(2)对年龄较大的农民,应根据其耕地意愿通过互换调整土地,为其提供各种农业服务和农业技术,使其在种植时达到效率最高。(3)开展农民科学种田培训,加速土地流转,培育新型农业经营主体,保护耕地。(4)加大对地方政府、村集体组织和农民的耕地保护监督力度,加快集体土地确权。(5)加强对地方政府、企事业单位低价征收农地并囤积的监督管理,提高耕地闲置费。对囤地行为,超过两年没有使用的要无偿收回,交原农户恢复耕种。