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随着信息技术的发展,各个行业在过去的若干年里都积累了大量的数据。国家自然科学基金委员会的各类资助项目是我国科技成果和自主知识产权的重要组成部分,先进的科学基金制的方式对科技项目进行合理有效的基金资助至关重要。目前一些传统的数据库系统只能提供数据管理以及一些简单的事务性处理工作,虽然可以对这些数据进行一些简单的统计和分析,但是进行更高层次的处理是非常困难的。基金管理机构必须对各申请的基金项目采取合理有效的评价,才能实现公正,公开,且高效的选择资助项目。现有的工作模式和信息交换条件下,对项目的评价工作还需大量的人力及物力的支持才可以完成。随着数字时代的到来和计算机科学技术的发展,在基金项目管理的评价过程中,用计算机语言描述出来,实现自动管理与人工管理相结合的自然科学基金管理模式,使工作人员脱离繁重的日常工作,提高基金管理的效率,已成为基金管理机构工作亟待解决的问题。本文在研究现有综合评价的理论基础上对评价方法进行改进并应用于自然科学基金项目的评价中,取得了一定的成效。首先,对项目评价的一般理论进行阐述,包括确立项目评价指标体系的作用、原则和方法,指标权重的计算以及一些常用的评价方法;其次,针对基金项目自身的一些特点建立了基金项目的评价指标体系,指标权重的确立采用数据挖掘的方法,创建了评价系统的数据仓库,和数据仓库模型设计,取得了比较好的评价结果。最后,介绍了基金项目综合评价系统的设计与实现方法。应用开发的系统可以便捷的对基金项目进行综合评价,提供可视化的评价结果,为基金管理系统科学创造了公正,便捷的条件。