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实蝇（fruit fly）泛指双翅目（Diptera）、实蝇科（Tephritidae）、果实蝇属（Bactrocera）昆虫，是危害水果和蔬菜的重要害虫类群。目前，已有64个国家和地区不同程度地将实蝇列为植物检疫危险性害虫，并采取了严格的检疫措施，实蝇的分类与鉴定研究也受到了世界各国的高度重视。本研究以我国常见的五种检疫性果实蝇为研究对象，采用RPAD技术、ISSR技术，并利用mtDNA cytb基因片断对实蝇的系统发育和分子鉴定进行了研究。主要研究结果如下：1．利用目前常用的6种DNA提取方法，如CTAB法、SDS法等，提取酒精浸泡保存的实蝇标本的基因组DNA。根据所提取的实蝇基因组DNA的浓度和质量，确定出最佳的DNA提取方法为氯仿／异戊醇抽提法。2．对实蝇RAPD-PCR体系进行了优化，建立了适于实蝇RAPD分析的PCR反应体系：在25μL反应体系中，模板DNA用量为80ng，MgCl2浓度为2.0mM，四种dNTP浓度各为0.2mM，Taq引物浓度为0.5μM，酶用量为1U。扩增程序：先94℃预变性3min；再94℃变性45s、36℃退火1min、72℃延伸2min，共40个循环；最后延伸10min。在此基础上，从40条引物中筛选出稳定性好、多态性高的10条随机引物，共扩增出316条谱带，所获片段大小为100～2500bp，并利用扩增谱带区分不同种类的实蝇。根据DICE遗传距离得出五种实蝇间的遗传聚类结果：具条实蝇B．scutellata、瓜实蝇B．cucurbitae与南瓜实蝇B．tau聚为一枝，然后再和桔小实蝇B．dorsalis聚在一起，最后与亲缘关系较远的柑桔大实蝇B．minax相聚，这与传统分类所提出的亲缘关系基本一致，也表明利用RAPD技术能够把不同种的实蝇区分开来。3．首次利用ISSR技术对实蝇的系统发育关系进行了研究。构建了实蝇的ISSR-PCR反应的最佳体系，并从30条ISSR引物中筛选出8条稳定性好、多态性高的引物。根据ISSR扩增图谱构建了五种实蝇的UPGMA聚类图，并进行了五种实蝇的鉴别研究，结果表明ISSR是一种稳定的分子标记技术，能够用于实蝇的系统发育及分子鉴定研究。4．对柑桔大实蝇、瓜实蝇、南瓜实蝇、桔小实蝇、具条实蝇五种实蝇mtDNA Cytb基因进行了克隆、测序。在获得的420bp的序列片断中有128个位点为多态性位点，从中筛选出稳定的20个变异位点作为五种实蝇的信息鉴别位点，并采用邻接法（NJ）和未加权组对算术平均法（UPGMA）构建分子系统发育树，结果表明：筛选出来的变异位点能够成功的区分出五种实蝇；而用两种方法构建的系统树结果基本一致。瓜实蝇、南瓜实蝇和具条实蝇先聚在一起，然后和桔小实蝇聚为一枝，最后再与柑桔大实蝇相聚。本论文利用三种分子标记对五种实蝇进行了分子系统发育与分子鉴定研究，研究方法快速准确，对其它实蝇的分类与鉴定研究也具有一定的参考价值，为构建检疫性实蝇的快速分子鉴定体系奠定了基础。