沙门菌是主要的食源性致病菌之一,可在全世界范围引起沙门菌病的暴发。有研究报道,细菌造成的食物中毒事件总数的30%-90%是由沙门菌感染引起。食用受污染的肉、蛋、蔬菜等食物是感染沙门菌的主要原因。猪肉和鸡肉是肉类食品的重要来源。由于我国是猪肉和鸡肉生产和消费大国,它们一旦被沙门菌污染,不仅威胁人类健康还将造成重大经济损失。沙门菌在环境中存活时间长,使其通过环境在肉品生产链传播,造成猪肉和鸡肉的污染。目前的研究多针对肉品养殖,加工和销售的某一环节中沙门菌污染情况进行调查,对于整条生产链或生产链中多个环节对比研究的资料较少。本研究旨在调查重庆市部分区县猪肉、鸡肉及其加工和销售环节的沙门菌污染情况,以期找到沙门菌在其中的传播规律,为沙门菌污染在动物性食品中的防控提供解决思路。本研究从重庆市12个区县部分屠宰场和超市的猪肉、鸡肉及其环境中采集样本,进行沙门菌的分离鉴定、耐药性检测、血清学分型及多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)研究。共采集样本1112份,分离到沙门菌115株,分离率为10.34%。在生产环节中,屠宰场和超市中沙门菌分离率没有统计学差异(P>0.05)。在调查的样本类型中,猪肉污染情况最为严重,其分离率极显著高于鸡肉和环境(P<0.01)。按环境样品的类别来看,屠宰场9种环境样本仅有地面、刀具、桌面分离到沙门菌,分离率分别为33.33%、10%、和6.67%,而超市的7种类型环境样本中均有沙门菌检出。通过对115株沙门菌流行耐药表型及耐药基因类别进行检测。结果表明四环素、氨苄西林和多西环素的耐药率最高,分别为73.04%、66.96%和59.13%。50.43%沙门菌表现多重耐药(Multidrug resistance,MDR),其中超市中MDR菌株在总菌株中的占比显著高于屠宰场(P<0.05)。耐药基因检测结果显示,β-内酰胺酶类、四环素类和磺胺类药耐药基因携带率较高,均超过70%。探究耐药基因和耐药表型关系,携带β-内酰胺酶类基因菌株表现耐药表型的比例最高,为87.80%;磺胺类耐药基因阳性菌株表现相关耐药表型的比例最低,为53.19%。血清学分型结果显示,共有30种血清型检出,超市中检测到25种血清型,屠宰场中检测到10种。Derby、London和Rissen是优势血清型,菌株数分别为26株、16株和12株。MLST分型将样本分为23种型,包括20种来自超市,8种来自屠宰场,5种在两环节均有检出。ST型别为ST40、ST155和ST469的沙门菌数量最多,分别是24株、19株和17株。通过结合血清型、ST型和耐药谱分析发现綦江、渝北、忠县三地屠宰场的环境和猪肉中沙门菌具有同源性,提示存在交叉污染现象。综上所述,重庆市猪、鸡肉品加工和销售环节中存在不同程度的污染现象,其中猪肉中沙门菌的分离率最高且与环境之间存在交叉污染现象,应加强猪肉在屠宰和销售环节中环境的管理。其次,超市作为常见的肉品销售环节,较屠宰场具有更多的多重耐药菌株,且菌株来源更为广泛。因此,应重视超市中生鲜食品的卫生监管。本研究还结合血清学分型和MLST分型,探究沙门菌在肉品生产链中的传播规律。MLST分型、血清学分型、耐药性之间存在一定的相关性。在将来MLST数据库逐渐完善时,可将其与其他分型方法、耐药性、致病性等结合,增强结果的准确性和减少工作量。