木麻黄以其防风固沙、耐贫瘠、高抗逆性和速生等优良特性成为我国华南沿海地区防护林构建不可或缺的重要树种。目前,我国木麻黄防护林多以短枝木麻黄为主栽树种。近年来,沿海各省短枝木麻黄无性系人工林存在无性系数量不明、命名混乱、遗传背景和多样性基础不清等情况,这使得木麻黄防护林的生态安全面临巨大的隐患。因此,开展我国沿海防护林木麻黄的无性系鉴定、遗传多样性评估及其起源分析等研究是十分必要的。本文针对上述我国木麻黄防护林面临的诸多问题,以华南沿海地区42个地点采集的109个的短枝木麻黄无性系单株样本为材料,开展了基于EST-SSR分子标记的木麻黄无性系鉴别及其指纹图谱构建研究,结合形态标记和分子标记比较分析了其遗传多样性差异,并评价了参试无性系的亲缘关系和可能的地理起源。为短枝木麻黄的遗传改良和新品种的选育等提供参考,对保护木麻黄的品种权和育种者的合法权益也具有重要意义。本文主要研究结果如下:(1)利用从71对EST-SSR引物中筛选出的12对多态性高、扩增稳定的引物,以9个短枝木麻黄已知无性系的基因分型结果为参照,采用降落PCR和毛细管电泳相结合的方法对沿海三省(广东、福建和海南)防护林主栽的短枝木麻黄无性系人工林采集的109个单株进行无性系鉴定。最终,参试样品被鉴定为22个无性系,即表明沿海三省目前正在被使用的主栽短枝木麻黄无性系有22个,其中,除鉴定出9个已知无性系外,另有13个无性系为不知名无性系,并分析证实三个省份间存在无性系的相互引种、命名混乱、同物异名且使用的无性系数量均相对偏少等问题;(2)构建了基于EST-SSR分子标记的短枝木麻黄无性系的指纹图谱,为我国木麻黄无性系鉴定和新品种保护提供了可靠的分子标记技术。每对EST-SSR引物可区分2～5个短枝木麻黄无性系,利用引物组合法进一步优化后,发现只需7对引物就可将22个短枝木麻黄无性系完全区分,并依此建立了基于7对EST-SSR引物的22个短枝木麻黄无性系的指纹图谱,每个无性系都获得了一个7位数的指纹图谱编码;(3)比较了形态标记法和EST-SSR分子标记法在评价参试短枝木麻黄无性系遗传多样性上的差异。结果显示:12个形态性状的多样性指数(H’)范围在0.347～2.053之间,其中各质量性状差异较大,短枝木麻黄无性系的表型相似度较高。而12对EST-SSR分子标记共检测到等位基因50个,平均每个位点4.2个;无性系样本的观测杂合度Ho和期望杂合度He平均为0.867和0.641;群体的平均Shannon多样性信息指数为1.099,分子标记分析表明华南沿海地区短枝木麻黄无性系人工林遗传多样性较低。基于形态标记和分子标记的聚类分析结果差异较大。利用不同形态标记组合和分子标记的遗传距离矩阵进行Mantel一致性检验,两两矩阵之间相关性均不显著,表明上述两种标记结果的一致性较低。综上所述,建议今后应以分子标记为主形态标记为辅的方法进行木麻黄的遗传差异等相关研究。(4)分析了参试无性系的亲缘关系和可能的地理起源。对鉴定出的22个短枝木麻黄无性系进行亲缘关系分析和地理起源的推断。通过对22个无性系与13个来自不同国家地区的木麻黄种源的遗传参数比较发现:基于Nei’s遗传距离的UPGMA聚类分析,22个无性系被划分两大类群,其中大多数无性系的Nei’s遗传距离都小于0.3,两个主要类群之间的最大Nei’s遗传距离为0.78,表明华南沿海参试短枝木麻黄无性系彼此之间亲缘关系较近,遗传多样性较低。在本研究中,根据遗传距离判断华南沿海地区木麻黄人工林使用的无性系最有可能的起源是东南亚、马来西亚、菲律宾和泰国,而来自大洋洲的可能性最小。