目前对食用菌内生细菌的研究主要偏向于抗菌活性及代谢产物,因此对食用菌中内生细菌菌群结构多样性的研究具有一定意义。另外依赖传统培养法及生物形态学鉴别方法存在一定局限性,使用现代分子生物技术来鉴定分析内生菌菌落更加方便准确。本研究以三种云南野生食用菌为研究对象,通过传统培养结合分子生物技术来分离和鉴定其内生细菌。通过对12株食源性致病菌进行基因组装,分析其含有的耐药基因、耐药机制及其毒力因子。同时研究分离株对于18种抗生素的耐药性,结合耐药基因注释结果分析其耐药表现型和基因型。主要研究结果为:1.以云南常见食用菌为研究对象,其中黄谷熟(Lactarius)5份、青头菌(Russulavirescens)2份、鸡油菌(Cantharelluscibarius Fr.)1份各采摘自不同地点,通过试剂盒法来提取细菌基因组DNA,最终从3种食用菌8个样品中分离得到56株细菌菌株,分属于14个种属,假单胞菌属(Pseudomonas)、西地西菌属(Cedecea)、沙雷氏菌属(Serratia)、Lelliottia菌属为优势菌群,数据分析表明不同种食用菌和同种不同地的食用菌中均存在菌落结构的差异性和相似性。2.通过对12株食源性致病菌进行细菌基因组组装,分析基因注释,12株食源性致病菌中基因组蛋白功能较显著的为氨基酸转运与代谢功能;每个样品中包含的耐药基因均超过15种,每个样品含有的毒力因子超过30种。3.通过药敏实验表现型和PCR基因型来研究56株分离株的抗生素耐药性。结果显示:56株菌株对抗生素耐药率最高的是阿莫西林98.21%,万古霉素达91.07%,青霉素达94.64%;耐药率最低的是氧氟沙星为0,环丙沙星为1.69%、米诺环素和多西环素为3.57%。对耐药基因检测的结果为:检出率最高的是磺胺类中sul1基因,高达53.57%;除去未检出的菌株,检出率最低的是磺胺类的sul2和sul3基因,均为1.79%;四环素类的6种耐药基因仅tet K和tet M被检出,分别是8.92%和23.21%;β内酰胺类bla TEM、blavim、bla SHV均有检出,检出率分别是25%、21.42%、23.21%;氨基糖苷类四种耐药基因中aad B未检出,其余aac(3’)-IIa检出率为3.57%,acr B为1.79%%,aad A1为37.5%;氯霉素类Cat检出率为14.29%,flo R未检出;多肽类基因Van C检出率为3.57%,EmgrB未检出;喹诺酮类三个基因均有检出,分别为Gyr A 8.92%,Gyr B 39.29%,Par C 37.5%。表现型和基因型符合率最高的是氨基糖苷类90.48%,最低的是喹诺酮类2.94%。综上所述,食用菌内生细菌存在多样性和差异性,分离菌株对多种抗生素不同程度的耐药,耐药基因在分离株间广泛存在。