在过去的十几年里，中国在健康医疗方面进行了一系列重要的改革，其中新型农村合作医疗保险制度的诞生极大的减轻了农村居民的医疗负担，并在一定程度上改善了农村居民“因病致贫，因病返贫”的状况。医院作为健康医疗体系的重要组成部分，研究其在新型农村合作医疗保险制度下的效率能够为公共医疗政策的制定提供相应的建议。　　本文选取2002-2011年全国31个省市的数据，利用DEA和SFA两种方法测算新型农村合作医疗保险制度下各省市整体的医院经营效率并进行对比。结果发现，两种方法下获得的医院效率值具有一致的趋势，全国大部分地区医院效率水平都有进一步提升的空间，整体效率水平逐年提高，尤其新型农村合作医疗保险政策实施后各地区效率水平增加较为显著，同时医院效率值的大小呈现明显的地域差异，东部医院整体效率值要高于中西部。在效率值测算的基础上，本文又采用SFA方法基于技术效率效应模型进行了效率影响因素的分析。由于各因素对医院效率的影响程度因地理位置的不同而呈现不同的差异，所以将样本分为东、中、西三个区域，选取了代表医院产权结构的指标、代表医疗技术水平的指标、代表居民医疗负担的指标及代表新型农村合作医疗保险制度实施与否的哑变量作为影响因素，分析它们对医院效率影响程度。结果发现，新型农村合作医疗保险制度的实施对全国各地区医院效率都有正向的促进作用，相对于中部来说,东部和西部医院由新型农村合作医疗保险制度带来的效率的提高更为明显，而医院产权结构并不会对各地区医院效率产生显著影响，医疗技术水平的提高和居民医疗负担的降低能显著提高中部和西部地区医院的效率水平。最后，本文对实证结果进行了总结并针对存在的问题，从全国和分地区两个层面提出了相关的政策建议。