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本文以形态特征为基础结合分子标记技术对麒麟菜族海藻进行了分子系统学的研究。首先应用RAPD技术对我国海南6个长心卡帕藻养殖群体遗传多样性进行了分析。首先从30个引物中筛选出了扩增多态性强、重复性好的6个引物,并从扩增产物中检测到了43个位点,条带大小在0.3～3 kb之间,其中多态位点为42个,平均多态位点百分率为98.72%。其次应用Popgen32软件进行了分析,其结果表明6个群体的多态位点百分率P在62.79%～97.67%之间,Nei’s基因多样性指数H在0.1455±0.1809～0.2463±0.1797之间,Shannon’s遗传多样性信息指数I在0.2291±0.2566～0.3808±0.2425之间,6个群体之间的遗传距离在0.0151～0.1350之间,遗传相似系数在0.8737～0.9851之间。并应用MEGA4软件对6个群体进行了UPGMA聚类分析,其结果表明,6个群体中S单独聚为一类,其它5个群体LA与XC先聚在一起,然后与LD、L和NC聚在一起。说明这6个群体间的遗传多样性高于群体内的遗传多样性,S群体的遗传多样性高于其它群体遗传多样性。6个群体的藻体形态和颜色虽有差别,但RAPD标记显示皆为同一个种,即长心卡帕藻。这为今后进一步研究长心卡帕藻优良品种遗传选育奠定了基础。随后利用RAPD技术对16株形态颜色各异的麒麟菜族海藻进行分类研究。从30个随机引物出筛选出7个(S352,S384,S399,S1510,S1520,S2003,S2114)扩增效果好的引物进行扩增,共产生96条条带,其中43条为多态性条带,占44.79%。16株麒麟菜族海藻中,采自西沙群岛的西沙麒麟菜的多态位点百分率最高为69.77%,说明与其他种相比,西沙麒麟菜的环境适应能力较强,有一定的选育优势。根据扩增结果构建聚类图发现,16株麒麟菜族海藻可分为2大类,但是与形态鉴定结果存在一定的差异。在聚类的时候,16株麒麟菜族海藻没有表现出一定的地域特异性,具有地域混杂性,可能是这些株系间在养殖的过程中,种质资源交流的结果。接下来,利用ISSR-PCR技术对7株卡帕藻属海藻和5株麒麟菜属海藻进行遗传多样性分析。从30个引物中筛选出5个(808,841, 856, 880, 890)扩增条带稳定,重复性,多态性好的引物,在卡帕藻属和麒麟菜属中扩增的多态性条带位点百分率分别为100(%40/40)和91.89%(34/37)。筛选出一个特异的标记引物841,可在卡帕藻属的藻体中扩增出大小为600bp的条带,在麒麟菜属的藻体中扩增出大小为1000bp的条带,而在西沙麒麟菜(XS)中扩增出特异的条带(750bp和1570bp),可作为属鉴定的特异引物。Popgen32软件分析,卡帕藻属和麒麟菜属的平均Shannon多样性指数(I)分别为0.5667±0.1156和0.5205±0.1767;遗传距离为0.0780-1.6094和0.0000-1.6650。根据遗传距离用MEGA4软件分别对两个属进行UPGMA聚类分析,都明显分为两大支,没有明显的地域性。最后利用psbA-trnH分子标记对8株麒麟菜族海藻进行序列分析。8株麒麟菜族海藻的psbA-trnH序列长度在670bp左右,两个不同属海藻之间的序列相似性都在97%以上。6株卡帕藻属海藻之间的遗传距离在0.005-0.034之间,而2株麒麟菜属海藻之间的遗传距离为0.000.6株卡帕藻属海藻的GC含量在54.4%-56.0%之间,而2株麒麟菜属海藻的GC含量为36.7%和37.3%。卡帕藻属海藻之间存在29个碱基的差异,而麒麟菜属海藻之间存在8个碱基的差异。结合形态特征,6株卡帕藻属海藻皆为Kappaphycus alvarezii,而2株麒麟菜属海藻皆为Eucheuma denticulatum。