本文以跨境经济合作区协同治理为研究对象,以“协同治理”理论为支撑,参考国内外跨境经济合作区成功范例,从公共管理学科“协同治理”理论视角,以协同治理经典模型——SFIC模型为分析框架,结合云南省参与建设的三个跨境经济合作区中老磨憨——磨丁、中越河口——老街、中缅瑞丽——木姐进展情况,利用云南与越南、老挝和缅甸2017年的经贸往来数据,构建云南与跨境经济合作区建设合作国经贸往来紧密度指标体系,找出制约跨境经济合作区发展和建设的原因,指出合作区应该夯实协同初始条件,加强中央政府催化领导,创新协同制度设计,优化协同流程,完善协同后果监督,充分发挥政府、市场和第三方组织各自优势,实现生产要素的自由流动,促进贸易健康发展的建议。为云南更好地参与跨境经济合作区建设,推动跨境经济合作区经济实现跨越式发展提供决策参考。