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烟草黑胫病是由烟草疫霉（Phytophthora parasitica var.nicotianae）引起的卵菌性病害,对烟草的产量和品质破坏巨大,是烟草生产上最严重的病害之一。在不影响产量和品质的情况下,利用分子育种方法使品种获得遗传抗性是防治烟草黑胫病的一个非常经济有效的方法。而发掘和定位黑胫病抗性基因,开发抗病功能标记是实现这一切的重要理论基础。近年来兴起的MAGIC（multi-parent advanced generation inter-cross）群体在诸多植物遗传研究中展现出强大优势,而其在烟草中的利用却鲜有报道。本研究构建了一套8亲本互交的烟草MAGIC群体,在此基础上利用高密度SNP芯片,对8个亲本及600份MAGIC群体进行基因型检测,分析不同材料间的遗传多样性,然后应用全基因组关联分析,检测与苗期、大田期烟草黑胫病抗性相关的QTL,从而寻找与黑胫病抗性有关的候选基因,挖掘有利等位基因型,以期为烟草抗黑胫病育种和种质创新提供支持。主要研究结果如下:（1）在前人工作的基础上,完成了烟草MAGIC群体的构建。该群体以8个烟草不同种质（包含雪茄烟、香料烟、白肋烟、晾晒烟、烤烟）为亲本互交构建而成,包含后代纯合的600个株系。（2）利用430K烟草SNP芯片对8亲本及MAGIC群体进行检测和基因分型。在删除亲本间无多态性的标记,缺失率超过10%的标记,稀有等位基因变异率不超过5%的标记后,获得了124151个高质量的多态性SNP标记。这些标记可以比较均匀的覆盖到烟草24条染色体上,对烟草全基因组的覆盖长度达到2933.4 Mb,平均SNP标记间的物理距离只有25.77 Kb。（3）利用124151个多态性SNP标记对群体进行主成分分析和亲缘关系分析,发现MAGIC群体不存在明显的群体结构。（4）分别对苗期和大田期MAGIC群体的黑胫病表型进行统计分析,不同株系间对黑胫病抗性存在显著性差异。（5）应用TASSEL V5.2.40软件的混合线性模型（MLM,PCA+K）,分别对苗期、大田期MAGIC群体的黑胫病病情指数和发病率进行关联分析。在P<5×10-7的条件下,累计检测到28个与烟草黑胫病抗性显著关联的QTL,有13个QTL在苗期和大田期被稳定检测到。以包含的显著SNP个数大于5为标准确定了5个主效QTL,分别为qHb7、qHb9.1、qHb9.2、qHb9.3、qHb12.1。（6）以qHb7、qHb9.1、qHb9.2、qHb9.3、qHb12.1峰值SNP的碱基类型不同将600份MAGIC群体分成不同的小组,发现某几种碱基类型总是连在一起出现。因此认为qHb7、qHb9.1、qHb9.2、qHb9.3、qHb12.1可能同属于一个QTL。（7）比较了基于qHb9.3和qHb12.1的两组株系的黑胫病抗性和农艺性状,发现主效QTL的导入对烟草农艺性状没有明显影响。（8）从600份MAGIC群体中,筛选出94份抗病材料,参照其田间表现初步筛选出4份烤烟类型的抗病材料。