磋商制度是指在生态环境损害赔偿诉讼之前,赔偿权利人与赔偿义务人就生态环境损害事实达成磋商协议,旨在实现对生态环境损害自身的赔偿与救济。从目前我国的磋商制度实施基本情况来看,我国在磋商制度上具体了磋商主体,细化了磋商适用范围,探索建立了多样化的磋商协议保障措施,在资金管理方面也积极探索,做出了多种改革措施。整体来看,我国的磋商制度实施基本情况、改革方向及经验是值得肯定的,对以后磋商制度的建立与完善具有很强的实践意义与借鉴意义。同时,磋商制度作为一项处在初级探索阶段的制度,在运作中存在着一些问题。这些问题都将阻碍我国生态环境损害赔偿磋商制度的有效推进。首先是在学理方面,自然资源国家所有权作为政府索赔请求权基础一直受到争议,认为其无法作为索赔请求权基础。其次磋商制度的法律性质也仍然模糊,磋商协议属于民事合同还是行政协议的争议也广泛存在。而且磋商制度在实施中也存在着一些问题。第一是缺乏磋商主体的救济途径;第二是我国磋商制度缺少磋商与诉讼的衔接机制,导致磋商制度与社会组织提起环境民事公益诉讼衔接不畅、磋商与关联诉讼衔接时缺乏证据的适用规则。第三是监督机制存在着信息公开程度低、公众参与度不足、缺乏司法监督三个方面的不足。鉴于以上存在的问题,本文提出了一些可行性建议。首先,对于自然资源国家所有权为什么能够作为磋商制度中政府的索赔请求权基础作出了解释,以及明确了磋商制度的法律性质。而对于磋商制度实施中存在的问题也提出了建议。第一对于磋商主体救济途径,我们应当赋予磋商协议强制执行效力以及明确赔偿权利人的救济途径。而对于磋商中赔偿义务人的弱势地位我们也应当给予一定保障,当赔偿义务人对于磋商协议存在异议时可以申请再次磋商。第二在设定磋商与诉讼的衔接机制时,应该要注意建立磋商与社会组织提起环境民事公益诉讼的衔接以及建立磋商与关联诉讼的证据适用规则。第三应当要加大磋商过程中信息公开程度、形成有效的公众参与以及在赔偿资金管理方面以及修复评估阶段增加司法监督。