南宋初年的战乱局面,使转运司地位突显,身兼上供与军需两项重任。而在现实的压力下,转运司在这两项工作中都面临着极大的困境,并且产生了许多新问题。在这种情况下,总领官应运而生。总领官的出现,拥有核实军饷的权力,客观上改善了转运司的处境。由于总领官更能适应战争环境中对军饷的管理,也更加符合宋朝“兵财分立”的祖宗之法,因此,临时的总领官进一步发展为正式的总领所。以设在地方的四个总领所为专门的供军机构负责赡军财赋的支给与管理,是南宋财政体制的重大变化。鉴于转运司在赡军财赋征收过程中的特殊地位,从绍兴末年起,为了加强对财赋的征收,总领所逐渐取得了按劾赏罚转运司的权力,迫使转运司把注意力集中到对州军的催科上。而且,总领所还不断地从收与支两方面侵夺转运司财赋,导致转运司“足郡县之费”的能力大打折扣。在总领所的影响下,南宋转运司行政地位相对下降、职责上更侧重于督欠,从某种意义上来说,越来越偏离了其设官初意。另外,南宋总领所与转运司在行政过程中,既有合作,又有矛盾。其中它们的合作主要是在和籴、工程建设、赈灾等领域,而矛盾则主要表现为军需运输上的冲突和对某些财赋在分配上的分歧。从总领所与转运司的合作与矛盾中,可以十分清晰地看出二者在性质、职能等方面的异同。