龟鳖类动物隶属于脊索动物门（Chordate）、脊椎动物亚门（SubphylumVertebrata）、爬行纲（Reptilia）、龟鳖目（Testudines），是爬行动物中十分特化的一个类群。由于生态平衡破坏、环境污染以及人为滥捕等因素的影响，许多龟鳖类动物特别是珍稀物种的野生资源急剧减少，甚至濒临灭绝，种质资源也面临严重危机。出于为龟鳖类物种保护措施的制定提供理论依据以及了解蛇鳄龟（Chelydraserpentina）种质资源状况的目的，本研究应用线粒体基因以及核基因对部分龟鳖类进行了系统进化关系的研究，并利用微卫星DNA对蛇鳄龟的养殖群体进行了遗传多样性分析。主要研究结果如下：（1）基于线粒体基因序列研究龟鳖类的系统进化关系采用PCR扩增和测序的方法，获得蛇鳄龟的12S rRNA、16S rRNA和COⅢ序列，并分别结合NCBI中其他龟鳖种类的同源性序列进行比对分析。比对后得到394bp的12S rRNA一致序列、544bp的16S rRNA一致序列以及757bp的COⅢ一致序列。12S rRNA、16S rRNA序列合并得到联合序列，对其进行分析，其中可变位点327个，序列总变异率为34.9%，简约信息位点222个，单变异多态位点105个。T、C、A、G的平均含量为23.6%、24.1%、33.5%、18.7%。A+T含量为57.1%，G+C含量为42.8%。在327个可变位点中，转换数为61，颠换数为24，转换/颠换比率（R）为2.53。COⅢ一致序列含有可变位点324个，序列总变异率为42.8%，简约信息位点230个；T、C、A、G的平均含量分别为27.5%、26.6%、30.8%、15.1%，A+T含量（58.3%）高于G+C含量（41.7%），转换/颠换比率（R）为2.62。基于Kimura双参数模型计算龟鳖类种间、属间、科间遗传距离，并采用邻接（NJ）法、最大简约（MP）法和最大似然（ML）法构建分子系统进化树。基于12S rRNA/16SrRNA联合序列拟水龟属间的遗传距离为0.021~0.060，平均为0.467；淡水龟科8属之间的遗传距离为0.022~0.110，平均为0.0724；曲颈龟亚目7科（除平胸龟属外）间的遗传距离为0.071~0.123，平均为0.105。基于COⅢ序列的淡水龟科4个属间的遗传距离为0.090~0.153，平均为0.129；曲颈龟亚目5个科之间的遗传距离为0.150~0.207，平均为0.177。结合构建的系统进化树得出以下结论：淡水龟科与陆龟科具有较近的亲缘关系，而与龟科的亲缘关系较远；应将龟亚科、淡水龟亚科分别提升为龟科、淡水龟科，并将大头乌龟、中华花龟并入拟水龟属；平胸龟应从鳄龟科中分离出来，独立自成平胸龟科。（2）基于核基因序列研究龟鳖类的系统进化关系用PCR扩增和测序的方法，获得蛇鳄龟的HNF-1α序列，并结合NCBI中其他龟鳖种类的同源性序列进行比对分析。比对后得到769bp的HNF-1α一致序列。其中含有变异位点112个，变异率为14.6%，简约信息位点67个；T、C、A、G的平均含量为26.1%、23.1%、28.3%、22.6%，A+T含量为54.4%，G+C含量为45.7%，转换/颠换比率(R)为1.42。基于Kimura双参数模型计算龟鳖类种间、属间、科间遗传距离，并采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建分子系统进化树。结果显示：龟科9属间的遗传距离为0.003~0.051，平均为0.016；鳄龟科、龟科、淡水龟科3科间的遗传距离为0.044~0.067，平均为0.053。综合遗传距离和系统进化树，支持将龟科重新划分为龟亚科和鸡龟亚科两个分支的观点；鳄龟科和海龟科亲缘关系较近，大鳄龟（Macroclemys temminckii）和蛇鳄龟可能同为一属。（3）蛇鳄龟养殖群体的遗传多样性分析利用磁珠富集法，以生物素标记的(CA)15为探针，构建了蛇鳄龟微卫星富集文库。通过PCR法从富集文库中共筛选出70条微卫星序列，一共设计了48对微卫星引物，采用PCR扩增的方法从中筛选出36对适用引物，对一个蛇鳄龟养殖群体进行遗传多样性分析。结果表明，36个位点获得的等位基因数从2~9不等，平均为4.361，有效等位基因为1.461~7.767，平均为3.498。等位基因片段大小为56~342bp，Ho为0.067~1.000，平均为0.725；He为0.316~0.850，平均0.600；PIC为0.2655~0.8359，平均为0.5573；Fis为-0.688~0.856，平均为-0.214，说明蛇鳄龟群体中杂合子过剩。以上数据表明此蛇鳄龟养殖群体存在较高的遗传多样性水平。